有观众质疑该剧前八集太啰唆、整体节奏慢、“闪回”地方过多。该剧原著小说作者今何在接受新京报记者专访时表示，把“九州”拍到如此程度已着实不易，“剧组也有自己的难处，现在的效果我已经很满意。
一天播两集有观众会急死，今何在曾经在微博坦言，这部剧有很多“反市场”的设定，例如开篇用很长的篇幅讲述了少年故事，他认为少年戏很重要，绝对不能删。
《海上牧云记》将“九州”的故事越改越庞大，以至于剧集长达75集，被质疑“注水”。今何在曾在微博表示，别人拍50集的故事，他们却拍了80集。
“人物矛盾一旦滚动交织起来，是可以无穷无尽产生剧情的。加上小说本来就横跨了十几年，如果再细讲的话，我怀疑这故事永远讲不完，小说就没讲完。”
剧情如果太急，难免就又显得浮噪，只怕那时观众更不喜欢。“我觉得以后不如出个导演加长完整版，再出个导演精剪主线版，让大家各取所需。”
据悉《海上牧云记》在原著的基础上，将每个人物的故事都进行了展开。今何在坦言，作为作者，他本能地不喜欢别人改动自己的作品。
