按照游戏剧情，古生物学家爱德华•亚希福特和奥斯威尔•E•斯宾塞在非洲研究古代生物“太阳阶梯”菊花时意外发现了T病毒的雏形。这种病毒具有改变生物的能力，可以让生物拥有极强的生命力和抵抗力，即基因突变。于是，他们敏感的意识到T病毒在生物武器方面的巨大潜力。成立Umbrella公司后，经生物学家马库斯博士融合实验改良，具有了作为生物武器的能力。后来，感染T病毒的水蛭和马库斯的尸体结合并成功复活再生了马库斯。其弟子威廉在T病毒基础上整合出了更可怕的G病毒。威廉在死前，将G病毒注入自己体内变异成的怪物，连火箭筒也对付不了。最终随着浣熊市的核弹摧毁才灰飞烟灭。在电影里，T病毒的诞生最初是为了治疗亚德里安博士家族患有遗传性的运动细胞衰退症，这是一种自身免疫疾病。为了治疗女儿疾病，他天才的通过控制T病毒造成的突变和T病毒解药对突变的控制让女儿的肌体重新具备活力，消灭坏死的细胞和神经，最终让他的女儿丢掉了拐杖，成为正常的孩子。消灭方式的选择，基于对人性恶的理解，人类毫无节制的人口膨胀、资源消耗、战争贫苦、恐怖主义…终究有一天会导致地球环境难以承载。与其坐以待毙，不如及早肃清人类，保留下良好的资源和设施。而后待时机合适，再解冻部分人选，散布T病毒抗体让所有感染T病毒生物死亡从而实现绿色、协调、可持续发展。在《终章》里，全世界还剩下4000余人未感染，Umbrella公司仍保留着上千部冷冻体对于生存权和毁灭权的争夺成为了剧情发展的根本动力。平心而论，肃清计划也并非一无是处。Red Queen的目的是拯救人类，控制病毒。只是哪里有压迫哪里就有反抗。平白无故的剥夺别人的生命权是要付出代价的，最终以Alice为首的一波（克隆）人最终实现了大翻盘干掉了公司boss们。
这是我看完生化危机之后最想说的也是最想说的部分,虽然里昂和艾达的惨死(好歹也是主角一句被陷害在华盛顿就解决了）也想吐槽，但是这个我觉得更值得说毕竟生化危机电影版里只有爱丽丝有主角光环)，也是整个生化危机(仅限电影)最引起我思考的部分。不知道这一切是编剧和导演从第一部就已经设计好的(如果是的话那我很佩服很有远见)，还是这部实在不知道怎么结束这个系列而强行扯出来的(我觉得这个可能性很大因为很多地方与前作的联系感觉很牵强，而且5代里大费周折的把里昂和艾达弄出来，但是到了6一句话就告诉了观众他们都被害死了，感觉完全是浪费了这么吸引人的两个角色，而且5代变得可有可无，甚至4代也不算重要了，只要有123三部感觉完全可以直接拍6。虽然也很厉害但是这种结尾方式不太能接受)。不得不说这次生化危机应该是整个系列中最不恐怖的了，从头到尾没有一次被吓到(甚至很多吓人的地方提前就能预料到)。不过总算是有个结局了，心里还是很喜欢的，虽然很多官方解释感觉完全在乱扯，尤其是保护伞公司那个但凡上过高中生物就肯定不会通过的计划。
病毒爆发17个月前的高层会议中， boos说了地球环境恶化已经岌岌可危，他主动传播T病毒就是要杀死大部分人，让地球重启。模仿圣经中的洪水，重新改变世界格局，圣经中最后活下的人在诺亚方舟中存活了，而根据boos说的构想，最后活下的人是保护伞公司的高层，而诺亚方舟是保护伞公司里的人体冷冻室。最后有一段桥段是爱丽丝说boos和保护伞公司的高层都会死在这里，因为他们为了达到自己的目的不惜屠害地球上的一切生灵，让他们都感染T病毒，这照应了现在的人们为了达到自己的目的做着同样的事，比如废气排放导致臭氧漏洞，全球变暖等。片尾最后说的你们都会死在这里，红皇后说过，她被设定的是不能危害人类安全，最后告诉我们，你们都会死在这里，就是表明我们现在所做的事已经危害人类的安全了，所以要把我们除掉——“你们都会死在这里”——这是红皇后对我们的警告！所以，生化危机系列是部公益片。
