首先是制作菌种，即通过孢子或组织分离出菌丝体，菌丝体扩大繁殖成为生产菌种；其次是将菌种接种于基质中，生产出食用菌的子实体。食用菌菌种是食用菌菌种生产和科研工作的基本材料。食用菌生产的菌种来源于野生食用菌资源，我国丰富的食用菌资源为我国食用菌产业的发展奠定了坚实的基础。食用菌菌种的最初来源是来自于野生食用菌资源，采用孢子或组织分离法分离得到食用菌菌种，然后把该菌种进行人工驯化、菌种选育，得到具有生产价值的食用菌菌种。母种是食用菌生产的经菌丝体，菌丝体扩大繁殖成为生产菌种；而该过程必须在无菌环境中以无菌操作进行，以防杂菌污染。一般在接种箱，无菌室或超净工作台上进行接种。
接种前要对环境进行消毒，一般是用37%~40%甲醛溶液于接种前按5ml/m3的量熏蒸半小时。也可用紫外灯照射半小时，以杀死空气中的微生物。
适合食用菌生长繁殖的混合培养料称培养基，由于不同的食用菌生长繁殖需要相应的营养条件及适宜的酸碱度。因此，在配制培养基时，还要根据所使用的配方，按次序配制培养基，并调节pH等。在液体培养基中加入琼脂等凝固剂后，就可制成试管斜面或在培养皿内倒成平板，成为用途广泛的食用菌母种培养基。
1.把马铃薯洗干净，去皮，挖掉芽眼，切成大约25px3的小方块，在天平上称取200g。
2.把切好的马铃薯小块倒入铝锅中，加水1000ml，煮沸15~30min。
3.用纱布（2~3层）过滤。
4.滤液加水至1000ml，加入蔗糖及琼脂。
5.加热使琼脂完全熔化。
6.趁热加入分装筒。分装于试管中（装量为1/5），塞棉花塞。
7.高压灭菌（121℃,30分钟）后，排成斜面。
种子制备包括孢子制备和菌丝体制备菌种制备。
保存在沙土管或冷冻管中的生产菌种，用无菌手续挑取少许，接入琼脂斜面培养基上，在25℃（或较高温度）下培养5～7天（或较长时间。所得孢子还需进一步用较大表面积的固体培养基以获得更多孢子（对于霉菌类孢子制备，多数采用大米、小米之类的天然培养基）。
将培养成熟的斜面孢子制成悬浮液，接种到扁瓶固体培养基上，于25～28℃培养14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入4℃冰箱中备用。一次制得的孢子瓶可在生产上延续使用半年左右。
放线菌孢子的培养基大多是采用麸皮或豌豆浸出液、牛肉膏及无机盐与琼脂制成的。将斜面孢子接入扩大的扁瓶孢子培养基中,于28～37℃培养5～14天。所获得的大量孢子可直接作为种子罐的种子。
如果有些生产菌种不产孢子，如赤霉素产生菌或产孢子不多的，则可采用摇瓶液体培养制得菌丝体，作种子罐的种子。种子罐的目的是使接入有限的孢子或菌丝体迅速发芽、生长、繁殖成大量菌体。其中的培养基组分应是易于被菌体利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米浆），及无机盐(如磷酸盐)等。作为发酵罐的种子应生命力旺盛、染色深、菌丝粗壮，无杂菌及异常菌体。接种量一般在10%～20%。
母种培养基的配方：
土豆200克取汁，葡萄糖粉20克，琼脂20克左右，水1000毫升。磷酸二氢钾3克，硫酸镁1.5克，蛋白胨3克。母种培养基的制作过程。
去皮土豆切片1000毫升开水中煮个三十分钟左右，煮熟后用纱布过滤取汁。（注意水一定要够1000毫升，不够的可用开水补够）。把土豆汁倒入盛有其他配料的容器中，一边倒一边搅拌，搅拌均匀。装试管。把混合液吸入试管中，大概有试管的三分之一左右。用棉花把试管口塞紧。把装好的试管五六个用牛皮纸包裹好用绳子捆绑好，下部不要盖住以便以后操作观察。绑好的试管放入高压箱中高压消毒。消毒。高压锅温度控制在120度左右，消毒三十分钟左右。取出试管后趁热斜着放置，以便试管中的液体凝固后有一个斜面，有利于菌丝的生长。接种取新鲜的平菇用小刀切去中间的一小块，放入试管中培养，整个过程都要在无菌的环境中操作。整个器械都要用百分之七十五的酒精消毒。放入保温箱中，保持二十五度的温度，十天左右平菇菌种母种便培育成功。
