《沉默的羔羊》故事里的宗教意味相当浓厚。片名中的“羔羊”就是基督教的隐喻。《圣经》中将耶稣称为神的羔羊，表示耶稣第一次来到人世时，以软弱的和温顺的形象把自己献在祭坛上，为人类赎罪。同时羔羊也象征着弱者，象征着容易被伤害的群体。
汉尼拔作为心理学家，有着超高的精神控制力量。他杀人、吃人无数，但是观众对他除了恐惧以外，恐怕是敬畏多过厌恶，甚至会不自主被他吸引。演员的超高演技是一个方面，但更重要的在于影片对汉尼拔的设定已经完全超出了凡人的境界。他举止优雅、目光犀利，人类在他面前似乎完全没有秘密；他重视礼貌风度，有着自己的一套秩序。他亲自杀的人都带有宗教惩诫的意味，而他动手之前的背景音乐出自巴赫，那更是古典音乐里理性、秩序之美的象征。
所有这些特点使得汉尼拔一直高高在上地俯视着众人。他规训世人，并按自己的原则惩诫“罪”人。他有别与一般的杀人狂魔或者暴君，而更像一个冷酷无情的神。
故事里的女主角，FBI探员克拉丽斯和反派变态杀手野牛比尔都与汉尼拔有过深层次的精神交流。或者说，他们都向汉尼拔敞开过内心世界。对于克拉丽斯来说，是以此作为情报交换；对于野牛比尔来说，是作为心理咨询的求助者面对他的医生。同时，他们也都受到汉尼拔很多影响。克拉丽斯在与汉尼拔的交流中，得到破案线索只是一方面。更重要的是，她也被汉尼拔所吸引，在惊惧和亲近之间，形成了一种微妙的渴望；而野牛比尔则被汉尼拔激活了内心的欲望，以做人皮大衣的方式开始寻找救赎和解脱。
从这个意义上讲，克拉丽斯和野牛比尔都算是汉尼拔的门徒，在汉尼拔失去自由时，代替他对人类世界施以影响。但是汉尼拔对待他们又全然不同。他野牛比尔只是驱使和奴役，对克拉丽斯却充满怜惜。
这种感情不能简单地以男女之情来解释。能吸引汉尼拔的，绝对不会是一个女子的美貌和智慧。事实上在两人接触的最开始，他也曾试图控制克拉丽斯。比如他对克拉丽斯进行全面的精神分析，嘲讽她的进取心，甚至模仿她的口音来激怒她。但是转变发生在他听到克拉丽斯在农场的故事后。一个失去双亲的小女孩逃离亲戚的农场，谁都会猜想这可能是一个关于虐待甚至是性侵的故事，但是克拉丽斯的讲述却完全超出了汉尼拔的预料。
她为牧场那些待宰的羔羊流泪。她听到那些尖叫，不能抑制地颤抖。她在黑夜里打开羊圈的门，尽可能地带着它们中间的一只逃走。她失败了，然后眼睁睁看着羔羊被屠宰。
她喃喃地说：它太沉重了。
这里的羔羊如同无助的人类。克拉丽斯的眼泪不是为自己而流，而是为苦难的众生。这种悲天悯人的爱具有鲜明的宗教意义，这使得她在那一刻沐浴在神的光芒中，就像圣母一样。她想用纤弱的身躯拯救他们，这沉重的背负和最终的失败让克拉丽斯无法呼吸。
汉尼拔完全被她打动了，他甚至流下了眼泪，说：克拉丽斯，谢谢你。之后，他利用递送文件的机会，制造了整个故事中两个人唯一次肢体接触——手指相碰。这一接触极具象征性，它意味着汉尼拔和克拉丽斯之间从此有了精神上的连结。
《沉默的羔羊》故事的高潮部分就在于克拉丽斯在野牛比尔家中黑暗里四处摸索那一节。当时野牛比尔关掉电闸，戴着夜视镜观察着克拉丽斯。镜头里的她是那样的单薄、慌张。她迟疑着向前，像是行走在祭坛上，恐惧到了极点。但是克拉丽斯并没有退缩，这是她救赎的机会，如果她能救出人质，她将不再受内心的煎熬而夜不能寐；这也是野牛比尔救赎的机会，在他看来，他要把这只羔羊献给自己，让自己穿上人皮大衣，获得重生。
野牛比尔并不急着杀掉克拉丽斯，他像对待猎物一样跟在克拉丽斯身后。他凝视着克拉丽斯，欣赏着她的无助，玩味着她的惊慌，他甚至想伸出手触碰她——那是一种骄傲的姿态，只有他拥有视物能力，他是这个黑暗世界里的主宰者。
救赎究竟属于谁？
几声枪响，故事结束了。光线再一次亮起来时，镜头前只有克拉丽斯持枪不断喘息的样子，而野牛比尔，中枪仰面倒在一边。他太沉溺于控制感，贪图心让他在接近克拉丽斯时，犯了致命的错误——他没能及时拉开枪栓。这段高潮戏的设计完全超越了一般故事的激烈对话、打斗的窠臼，让观众在短短几分钟之间，经历了窒息般的挣扎。镜头无声时，观众心情在剧烈起伏；枪声响起后，一切反而归于平静。
