晚疫病防治首先要控制好温湿度，尽量降低棚内温湿度，白天控制在26－30℃，夜间控制20－24℃，为降低棚温可在棚膜上加盖遮阳网。叶霉病：发病初期及时摘除下部病叶，喷施1：1：200波尔多液或叶霉霸或47％加瑞农600倍液，3－5天防治一次。
首先品种应该选择抗病性比较好的，一般种植西红柿都是采用移栽的方法，前期育苗要先对苗床进行消毒。可用多菌灵或代森锰锌与土壤混合，混合药物的土壤一部分混入苗床中，一部分等播种后洒在种子上。播种前也要对种子进行消毒，可将种子放入热水中浸泡，水温不必太高，50度左右最好，也可先用清水浸泡几个小时后再用低浓度的磷酸三钠溶液中浸泡半小时，这样处理种子能有效的预防一些病害。
西红柿的主要虫害有蚜虫、白粉虱等，蚜虫可用10%吡虫啉可湿性粉1000倍液喷雾防治，白粉虱可用25%阿克泰水分散粒2000～3000倍液或扑虱灵乳油1000倍液喷雾防治，其他虫害也有对应的杀虫剂。也可在周围布设防虫网，有效拦截虫子作用于西红柿植株。
大棚秋茬种植西红柿容易出现的病虫害有，前期病毒病较为常发，后期叶霉病、早疫病、晚疫病等病害较重，虫害主要防治蚜虫、白粉虱和棉铃虫等害虫。
病毒病除了防治蚜虫和白粉虱，还应使用5％菌毒清水300倍、20％毒克星500倍喷雾防治，每隔7天喷药一次或1％高锰酸钾连喷3－5次。叶霉病应在叶面喷施叶霉霸800倍液。
西红柿的虫害主要有棉铃虫、蚜虫、白粉虱等，对于棉铃虫可在其幼虫期喷洒敌百虫或杀灭菊酯乳油等药物进行杀灭。白粉虱有趋黄性，可放置沾满黏油的黄板进行诱捕，也可喷洒吡虫啉和扑虱灵等药物。蚜虫的分布就比较广了，几乎所有的植物都会受到蚜虫的威胁，对此可喷洒抗蚜虫威进行防治。
