1、刑事侦缉档案4第1集。江子山督察（陈锦鸿饰）正在超市内监视疑犯，他通知搭档疑犯身上有枪。疑犯开枪，被警员击毙，流弹打中超市中一位女士。受伤的女士艾伦到医院后死了，在她身上发现器官捐献的鉴定卡。警署的江子山督察〈陈锦鸿饰〉与新来的警员徐飞〈古天乐饰〉同去一处凶杀现场，死者是女明星崔明珠，先被杀死后被放血，并被奸污，双手握有一个十字架吊坠的项链，大家分头调查线索。患有眼疾的武俏君（宣萱饰）因盲移植角膜，刘健生医生给俏君拆开纱布后，俏君仍然视力模糊。当晚俏君听见楼上有人惨叫，即报警；在警署因知道她的眼睛不好，所以大家不相信她。当她第二天早回家时，发现楼上发生了凶杀案。女记者死时也是先死后放血，又被奸，躺在床上双手握着有一个十字架坠的项链，江子山分别调查了刘医生和刚调走的保安员。
2、刑事侦缉档案4第2集。警署正在审问疑犯保安员荣哥时，九龙塘又发现凶杀案，死者张淑珍躺在床上，双手也拿着个十字架的项链。推断死亡时间正是疑犯荣哥与周太太幽会时间，线索又断了。江子山百思不得其解，三个死者之间有什么联系呢？在三个死者的案宗里，发现仁新医院有关器官移植的联系信年，经查崔明珠移植的肾脏，张淑珍移植的心脏，武俏君移植的角膜都来自一年轻女士——艾伦，而且摘取艾伦器官的急诊医生也因心脏病复发死亡。女记者因楼号写错被误杀，警署认为武俏君很危险，便决定派人保护武俏君。医院里的助护刘世昌纳入了警员的视线……刘世昌交待了因暗恋教会里认识的艾伦而怀恨移植艾伦器官的人，在他的威吓中摘取艾伦器官的急诊医生心脏病复发身亡。说到女记者的死，刘世昌却避重就轻。刘世昌给律师的电话中露出马脚，徐飞另派人保护武俏君，并抓到了连环杀手。
3、刑事侦缉档案4第3集。保安荣哥交待.他借给女记者修房锁之机，强奸女记者，因怕女记者报警失手打死了她。荣哥依照女记者描述的女明星崔明珠之死状.安排了女记者的死后状态.这一切又被赶来行凶的刘世昌看见，并将荣哥杀人的情景拍照，此后用照片威胁荣哥去杀武俏君。江子山与徐飞等人配合抓住了连环杀手。江子山了解到徐飞因三年前女友突然失踪，而变得性格有些古怪，但江子山认为徐飞很敬业。郊区海滩上，发现了一具男尸，从身份证上发现死者叫杜子明，海滩上有空水瓶、安眠药瓶、两个皮手镯、死者手上有戒指，背上有刀伤，是他杀还是自杀呢?武俏君的女友文静牵扯到杜子明命案中，但文静怕警方怀疑自己是凶手，便从武俏君处走掉了。
4、刑事侦缉档案4第4集。江子山和徐飞从武俏君在杜子明命案现场的问话推测到武俏君与文静有联系，从而找到了文静。文静回忆出，杜子明的呼机上曾有一个叫赵汉华的人呼过他，后从赵汉华的太太阮美美那里.知道，赵汉华失踪前一直在寻找他的仇人林子恒。江子山派徐飞去台湾调查杜子明是否就是儿年前杀人又逃逸的林子恒。在江子山的女友文婉兰（佘诗曼饰）的家里，她的小学同学唐心如（李珊珊饰）无意中对江子山说出其实她和文婉兰同样喜欢一个人。台湾的顾宏、杜子明、赵汉华因同性恋的关系，都与杜子明的太太周若梅相识。疑团解释不清时，赵汉华留给院美美的信，道出他本来是找林永恒报仇的，但后来却控制不住地爱上了变了性的林永恒也就是周若梅武俏君想用心理导示解开徐飞的心结，哪知冰冻三尺非一日之寒。
5、刑事侦缉档案4第5集。武俏君重新修改了徐飞的心理报告，使徐飞能够继续任职警员。文静急于找到杀杜文明的凶手，重新翻阅命案现场的照片，发现了死者脚上穿的鞋不是杜子明当天穿的皮鞋，疑案有了转机。江子山做出拘捕周若梅的决定，追捕中周若梅女扮男装逃跑，最终杜子明与周若梅一同被抓，而文静却在西湖酒店中割腕自杀。周若梅交待了整件事情:五年前她就是林永恒，她当时以男人的身份与台湾舞蹈家顾宏同性恋，她因失手杀了赵汉华的女友逃跑，后又做了变性手术改名为周若梅。赵汉华本是想找林永恒报仇的，但后又失去控制地爱上了周若梅，纠缠中周若梅起了杀意。
