袭击了科特队本部的杰顿星人在临死时向某处发射出了神秘电波，同时，一只神秘的巨大生物出现在东京附近的山中，科特队立刻前往迎击，战斗中，早田的战机被击中，他也昏了过去。此时，感应到危险的奥特曼立即与早田分离并救下了战机。但是，失去了早田的支撑，奥特曼的计时器开始不断闪烁。
另一方面，怪兽正在向城市前进，为了保护城市，奥特曼拼尽全力阻止怪兽，但是这只怪兽比以往所有怪兽都要强大，它不仅破解了八分光轮和投摔，更是以一只手挡下了连续三发斯派修姆光线，城市就要遭遇破坏，而奥特曼的能量也已严重不足。
关键时刻，奥特曼用最后的力量抱起怪兽，冲入了东京湾茫茫的大海之中，而他自己也消失在了大海里。此时，政府方面发来消息，要求科特队用最新式的超级炸弹攻击怪兽消失的地点，将其彻底消灭，如果这样做的话，奥特曼也将灰飞烟灭。村松队长命令岚去投掷炸弹，岚却无论如何也下不去手，于是，队长决定先救起重伤的早田，再回总部从长计议。
政府再次发来急电，要求队长下令投弹，否则将强制解散科特队，同时，新怪兽被命名为“杰顿”，意为“最终的怪兽”。
政府给了科特队一个小时的时间，如果科特队再不出手，那么日本的自卫队将发动攻击。半个小时过去了，队员们却迟迟没有商议出结果，这时，海岸警备队传来一个惊人的报告——杰顿消失了，原地只剩下了已经死去的奥特曼。
政府官员震怒，斥责科特队办事不力，并要求他们在24小时之内找到并消灭杰顿，否则将解散他们。
面对眼前的局势，井手提议先拯救奥特曼，得到一致肯定，于是，行动开始了，代号“奥特曼”。
经过研究和计算，井手发现使用金元素进行聚变反应最接近奥特曼的能源。众人开始搜索金元素，尽管尽了最大努力，明子也捐出了自己的首饰，但距离拯救奥特曼还是远远不足。就在生死攸关的时候，星野联系到了他的一个同学当研究员的父亲，并顺利得到了大量金元素。
这时，杰顿出现了，原来，之前它通过瞬间移动逃到了火星，并吸收了大量的宇宙能量，变得更强了。队长命令井手留在总部继续实验，并带领其他队员出击，决战杰顿。
通过数次实验，井手成功得到了纯度最高的能源，并立刻驾驶潜艇将它们注入到了奥特曼的体内，奥特曼复活了。
复活的奥特曼立刻投入了战斗，并以强大的力量连续压制杰顿，最终，他使用最终的必杀技“金派修姆光线”击败了杰顿。地球安全了，奥特曼圆满地完成了任务 ，回到了光之国。
与此同时，一直昏迷着的早田也醒来了，原来，奥特曼在与他分离的时候将一半的生命留在了他的体内，地球又迎来了新的和平。
初代奥特曼被杰顿杀了，这个结局应该修改一下:
杰顿把初代暴打一顿。初代发射斯派修姆光线，杰顿启动了吸收功能，然后发现自己被骗了，初代发射出来的并不是光线。初代一个八分光轮砍下去，杰顿用屏障挡住了。于是它直接开始狂化，暴揍初代
这时佐菲奥特曼出现了，他俩一起架住杰顿，然后初代吸收了等离子火花塔力量，然后积满能量，发射等离子七彩斯派修姆光线。于是杰顿吸收之后，无敌的佐菲倒下了。初代被一兆度火球打爆计时器，马上要死的时候，他直接吸收了佐菲的M87力量，等离子力量，太阳力量，地球能源……
初代奥特曼用尽全部的力量，发射爆裂M87等离子七彩斯派修姆光线。这时科学特搜队也发射了“飞鲨”导弹，同时击中杰顿。杰顿受到重创，奄奄一息。但是初代奥特曼也倒下死去了。杰顿再被击中的同时，射出一个1兆度火球，炸了基地，队员像雷欧队员一样被全灭了。
这时天空一道金光闪过，奥特之父来了，他带来了三个生命。奥特之父看到奄奄一息的杰顿，于是用奥特哑铃击昏它，然后一发射线击杀杰顿。然后他复活了佐菲与初代，之后复活了早田。之后他把两位奥特战士带回了光之国，早田留在地球上，但是队员们已经全部逝去了……
初代和杰顿正在苦战中，初代发出斯派修姆光线，被杰顿吸收，并反弹光线，初代已经坐好了牺牲的准备，有一道金色的光挡住了杰顿反弹的光线，杰顿顿时间被一股力量弄晕了，紧接着金光回到一个红色巨人的头上，初代惊讶着：“你是。。。”“我是奥特赛文，行星观测员，奥特之父通过看穿一切的眼睛知道了你有危险，而我正好在地球附近活跃，奥特之父发来了奥特信号，让我来帮你打败杰顿…”“杰顿…”杰顿醒了，两个奥特曼对峙杰顿“赛文，快，再把它弄晕”“不行，地球的太阳能很微弱，我从南极地带飞过来，已经没有使用奥特念力的能量了。”初代突然发出斯派修姆光线，被杰顿吸收，赛文从后面把杰顿放倒，反弹光线没能击中奥特曼，赛文和初代站在一起，赛文发射集束光线，初代发射斯派修姆光线，两股光线交集在一起形成了螺旋形状，发出了强大无比的合体技能“集束-斯派修姆射线”强大的光线超过了杰顿吸收的限度，杰顿被炸了个粉碎，赛文和初代握手以示胜利，两人飞向天空“洗袜纸” “鸡儿”，望着天空的两个奥特曼，地球防卫队大笑“胜利了！！！”人们觉得地球已经和平，防卫队解散
不知过了几年，地球又出现了怪兽，人们组建了新的防卫队“超人防卫队”，当他们不敌怪兽之时，一个叫团的男人会变身当时的红色巨人，与怪兽进行搏斗…(预知后事，请看TV《赛文奥特曼》)
在初代奥特曼的结尾，佐菲奥特曼是什么时候出场的呢？是在人类消灭杰顿之后，初代奥特曼自己一个人，胸前的彩色计时器也早已没有了光，眼睛也失去了光。这个时候，佐菲来了。如果结局改成，当杰顿要攻击初代奥特曼的彩色计时器的时候，佐菲奥特曼从天而降，一脚将杰顿踢开。
就这样，佐菲奥特曼联手初代奥特曼，大战杰顿。不过，杰顿还是依旧这么强大，即使是佐菲奥特曼的光线和初代奥特曼的光纤联合起来，也不能打破杰顿的防护罩。就在这时，佐菲奥特曼使出了M87光线，加上初代奥特曼的八分光轮，将杰顿一举打败。
在初代奥特曼的结尾，佐菲奥特曼是什么时候出场的呢？是在人类消灭杰顿之后，初代奥特曼自己一个人，胸前的彩色计时器也早已没有了光，眼睛也失去了光。这个时候，佐菲来了。如果结局改成，初代奥特曼发射光线，杰顿功击初代奥特曼的彩色计时器，这时候，佐菲奥特曼出场替初代奥特曼挡下这一击。
初代奥特曼和佐菲奥特曼联手，初代奥特曼发八分光轮，佐菲奥特曼发M78光线，杰顿把八分光轮挡下了，但没挡下佐菲奥特曼的M78光线，杰顿爆炸了，最后初代奥特曼没有离开地球，而是和早田并肩作战。
天空出现一到黑暗光降临在地球 看到一个黑色身体 杰顿一看 沙福林大人 随后那位大人一招秒掉杰顿 初代看到后上去大战1000回合 不分胜负随后初代用斯派修母光线 那位大人用全力的M87光线 初代失败后直接被那位大人抓到计时器 拔下来 随后初代死亡 那位大人离开地球把赛文的灯扣下 杰克艾斯 泰罗 雷欧爱迪等人的计时器全部拔下 放在展览贵。
