将近二十分钟的开头，弥漫着一种小清新的忧伤，让人以为是一个被工作、生活困住的男人遇见一个率性、特立独行的女孩，终于生活有了色彩，但大概最终要失去的故事。到最后，电影却是讨论了一个关于人的哲学问题。 人心是永恒的吗？如果人心不变，为什么曾爱的最终离散？如果人心会变，为什么一切归零后人们还是踏入同一条河流？ Joel和Clementine是一对性格迥然不同的情侣，一个是稳妥到枯燥的宅男，一个是性格冲动而浪漫的女孩。容易想见，这样的组合容易互相吸引却也容易产生摩擦与矛盾。Joel觉得Clem任性冲动，而Clem则深感自己被Joel困住。不断的争吵后，Clem去做了记忆清除术，彻底忘记了Joel，而Joel在小小报复心的驱使下，也同样在记忆中清除了Clem。 一切就这样回到了原点。互不相识的两个人却在心中失落感的促使下，不约而同地去了蒙太克，又一次坠入爱河。
他们都没有改变。第二次初识几乎完全可以和第一次初识相对应。同样穿着橙色卫衣的Clem同样吸引了Joel；第一次Clem询问能否来一块Joel的鸡块，却不等回答就伸手去拿，让Joel觉得如此亲密无间，而第二次Clem向Joel的胸口捶了一拳，自来熟地叫了一声“Hey buddy”； Clem用同样的语气警告Joel“不准拿她的名字开玩笑”，而Joel尽管在第二次初识时，已经忘记了Clementine名字的典故，却还是一样地拘谨，用一样的笑容的弧度对着Clem，说着我不会开你玩笑的，并对这个名字表示欣赏；Clem依旧不断变化着发色，讨厌nice这个词，任何中庸的东西都容易让她厌倦。
美丽心灵的永恒阳光，大概是指爱。但是爱永恒吗？Clem和Joel告诉我们它会变，尽管记忆清除中Joel找回了初心，认识到自己被Clem的坦诚和初见面时那种亲密无间所吸引，却不能以同样的坦诚回报她的错误，甚至愿意把Clem带进自己最丢脸的记忆中，可是问题是，Joel的记忆被清除了，他真的不会继续犯下与第一次相爱时一样的错误吗？他们最大的分歧在于，Clem喜欢分享，并渴望着了解Joel，她内心混乱而寻求宁静，稳重的Joel看起来能给她她想要的，但是即使在第二次相识，Joel还是抗拒着分享，在Clem靠近时，提醒她他在写日记。
人的性格顽固地吓人，所以会执拗地不断不断犯下同一个错误。记忆清除公司的前台Mary和主治医生Howard又是这么一对。这样一段婚外忘年恋又是以Mary清除记忆收场，Mary却又一次爱上Howard。讽刺的是，Mary在清除记忆后如此崇拜Howard，认为他的记忆清除术给了人们重来一次的机会，而“健忘的人们战胜了自己的错误”。而事实上，做了记忆清除的她并没有战胜自己的错误，而是又犯了一次，而“给人们重来一次的机会”的Howard，却在完全知情的情况下配合她重新犯了一次错误。 不变的是人性，善变的是人心。 麦兜说，一切都没有改变，只是你已不在我梦中。 纳兰容若说，人生若只如初见，何事秋风悲画扇。等闲变却故人心，却道故人心易变。 说到底，人是对别人善变得可怕，对自己又固执得可怜。
电影跟诗歌看似并无干系，实则有着千丝万缕的联系，而且每对恋人都能从中找到自己的影子。像上述的故事一样，相爱的时候纵然美好，但是总有些现实的阴霾遮住了恋人的眼睛，于是他们争吵、疏离直到最终分开。但是当记忆回溯，却都是难以忘怀的美好碎片，在某个时刻将人击垮。 “美丽心灵的永恒阳光”讲的是一个关于记忆删除的故事。不同于以往的“忘情水”、“孟婆汤”，导演用一种戏谑怪诞但又极其迷人的手法描绘一个拼图般的世界，那些拼图都是每个人丢弃的关于恋人的画面，他用独特的方式重新将他们组合，加上时而飞奔时而低沉的节奏，最后让主角和观众去找那最后一块拼图，连接起整个电影，击中心灵。 电影从乔伊突发奇想的早晨开始，他厌倦了每天按时上班，做同一班列车。今天他想要爱上一个陌生的女人，这根本就不像他。
在此之前，乔伊和女友克莱梅特删除了彼此的记忆，想以此解决相处时带来的痛苦回忆。删除记忆的医院里坐着人都面容憔悴、神情悲伤，怀抱着关于记忆的物品。情人节的礼物、共同购买的商品、一起画的图画……每个记忆都从这里累积，也从这里被抹去。可是他们没有想到，一段感情带来了多大的痛苦也必定带来过多大的快乐。乔伊在删除记忆的时候，才发现原来生活中已经全是克莱梅特的影子。除了那些不欢而散的交谈，让人无法忍受的缺点，竟然还有那么多美好的回忆——图书馆的对话、吃饭时的打闹、拥抱时的温暖……
