对于柯南而言，最完美的结局莫过于找出黑衣组织的真相，将那个我们曾经见过却不曾想到过的组织首脑绳之于法，灰原终于制作出了“APTX-4869”的解药，与柯南二人恢复了真实身份，但是最后灰原却选择了离开大家独自到其他国家生活。而新一与小兰终于修成了正果，顺带平次与荷叶也正式开始了交往，一切的一切彷如一场梦，当新一与小兰再次到游乐场时新一再次发现了犯罪组织，于是亦如最初的追了上去，历史总是非常相似，当新一专心窥视着眼前的罪案时全然没有注意到身后高举木棍的黑影，正当黑影准备攻击毫无防备的新一时被跟随而来的小兰踢晕，小兰喘着粗气埋怨新一是个推理笨蛋，又只顾着查案而留下她，新一定了定神后扬起温柔的笑容回应“对不起，我再也不会丢下你了”。自此，新一与小兰之间不再有难言之隐。
小编推测，名侦探柯南的最后一集肯定是以江户川柯南与赤井秀一这两枚银色子弹做为主导的，以降谷零背后的日本公安警察、FBI、CIA等等世界警察组织作为基础力量，外加上五郎大叔、服部平次、世良真纯等常登场的侦探作为协助，进行的一次对黑衣组织完全的缉捕！作为女主角的毛利兰当然会出来打酱油，甚至还可能需要铃木园子背后的运作，毕竟是日本顶级财阀，肯定能够帮上忙的！作为顶级科学家的灰原哀也是定然要帮忙的！
追过柯南的人都知道，灰原哀喜欢柯南，而柯南一直喜欢小兰，如果柯南变回工藤，他肯定也会和小兰在一起，所以灰原肯定会很伤心，当然还有同样喜欢柯南的步美，但是步美是小孩子，慢慢随着长大，这种想法就会淡忘，但灰原本来就是成年人，这种想法很难淡忘，所以灰原肯定会离开。
在多次服用试用解药之后，柯南的身体终于出现了抗体，于是柯南成为了真实的存在，而工藤新一正式成为过去式，十年后，柯南从小学顺利升学到高中，虽然与工藤新一长得一模一样，但是身边的人早已把他彻底当成柯南，就连小兰也不例外，于是新一与小兰继续着咫尺天涯的等待。
个人认为柯南的结局是，柯南在父母、服部等人的帮助下，联合赤井秀一等人彻底摧毁了黑衣组织，抓住了幕后boss，而贝尔摩德也就是苦艾酒很有可能洗白自己。基德也找到了那枚名叫“潘多拉”的宝石，柯南、灰原和世良真纯的母亲都恢复成原来模样。
那肯定是美好的结局啊，柯南无疑变回原来样子，和小兰结婚，结婚生娃。幕后黑手被抓到，那些小学生是不是会闷了啊，柯南竟然瞬间长大。陪伴柯南那么多年的小兰会不会发疯呢，一直和柯南睡觉洗澡。早就被看光了，实现他们的未婚同居的梦想。
