保护期限和维护费用不同，优缺点不同，软件专利必须以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，一般不能采取加急形式，软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。
保护客体不同软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思，包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
软件著作权是在软件创作完成后产生的，也可以进行软件著作权登记，以起到类似公证的效力。软件专利则不同， 专利必须向专利局提出申请才能获得，因此必须积极申请。
软件专利保护发明构思，软件著作权保护发明构思的表达方式。申请软件专利和申请其他领域的专利没什么差别，把技术问题，技术方案，技术效果写清楚，确定合适的保护范围就可以了。
在中国申请软件专利最好能和硬件结合，比如网络版软件技术，可以和客户端、服务器端的计算机如何发送指令、如何响应进行结合。
软件专利，申请时间2-3年，下证后20年有效，软件著作权是登记时间1-2月，下证后50年有效。
