根据国内地铁行业统计资料，国内地铁23个实行按里程分段计价票制的城市(不包括南京)，每人次票价3.52元，每人次公里票价0.31元，票务支出占城镇居民人均可支配收入比例4.45%，2016年南京地铁运营三项指标分别低于23个城市平均值23%、29%和35.7%。
乘客使用市民卡、智汇卡刷卡乘车时，在享受原有票价优惠基础上，仍可以在90分钟内享受换乘刷卡1.0元/次的优惠。平时刷普通智汇卡乘坐公交车8折，地铁95折，春秋季（3-5月、10-11月）会执行空调车6折优惠。
成人卡春秋季（每年有5个月）换乘公交车只需0.2元/次。60-69周岁老年人和18周岁以下的中小学生乘坐上述公共交通工具，在90分钟内，刷卡乘坐2元以内（含2元）的公交车、有轨电车、轮渡，免费换乘；刷卡乘坐地铁、大站快车、快线以及按里程分段计价的公交车，换乘定额优惠1.00元/次。
乘坐南京市内公交、地铁、轮渡、有轨电车90分钟内换乘，均可享受1.0元/次的优惠。
换乘优惠政策需要通过刷市民卡、智汇卡来计时，因此只限刷卡购票的乘客，用现金购票乘车无法享受换乘优惠政策。
起步价2元可以乘坐4公里，而在4-14公里期间，美乘坐5公里增加1元，14-28公里期间是每乘坐7公里增加1元，28-37公里期间是每乘坐9公里增加1元，37-48公里期间是每乘坐11公里增加1元，而48-61公里期间每乘坐13公里,都增一元。61公里以上就是没乘坐15公里增加1元。简单来说就是起步价是2元，可以乘坐4公里，在4公里以上，票价每增加1元的晋级里程为5、5、7、7、9、11、13、15公里。
