两地所用调味料有所不同，北方烤鸭在烤制过程中是不加入调料的，而是在烤制完成后搭配甜面酱、葱段等食用。南方烤鸭在烧制之初就要塞入绍兴酒、海鲜酱、芝麻酱、蚝油等腌料，经过川烫、淋醋水后才烘烤，烤制完成后多汁水，滋味足，可以再配柠檬搭配胡椒盐食用。
鸭子选材不同。北方，尤其以北京为最，喜欢选择脂肪丰厚的“鸭苗”，用填灌的方式培育鸭子，这也就是“填鸭”一词的由来。约3公斤重时鸭子肉质最为鲜嫩、鸭皮毛孔细小，烤出来的皮才脆嫩。因此北方烤鸭最美味的是鸭胸上的脆皮，要最先食用。
主要还是选择的鸭子不同吧，喜欢选择脂肪丰富的“鸭苗”用填灌的方式培育鸭子，这样烤出的鸭皮才脆嫩。而南方的鸭喜欢选用幼小的鸭子，因为鸭子年龄小，鸭胸还未发育完整，所以脊椎两侧链接鸭腿的补位，味道最足。
大多数北方烤鸭不管是挂炉还是焖炉，肚子里不填卤汁，靠甜面酱调味，单吃没味道。南方一点的烤鸭，很多烤前肚子里填上卤汁一起烤，出炉后切开卤汤流出，再蘸着吃，这种鸭肉本身经过调味，所以可以单吃。
南方的烧鸭喜欢选用生长期26至28天大的幼鸭，因为鸭龄小，鸭胸还未完整发育，最美味的反而是脊椎两侧连接鸭腿的部位，味道最足。北方，尤其以北京为最，喜欢选择脂肪丰厚的“鸭苗”。
要从两个地方人的饮食习惯看了，北方人喜欢酱，无酱不菜，所以片皮的烤鸭卷酱很好吃，但是南方就吃清淡和甜，在淡中加咸，也就是说，北方的烤鸭是主菜，南方是配菜。
