有机农业中使用的天然农药不像化学农药那么有效，植物就不得不多分泌一些毒素来保护自己。有机农作物中的天然毒素含量通常要比常规农作物高10%-50%。
使用天然农药，也具有一定毒性。有机农业并非完全不使用农药，只不过用的是源于细菌、植物的所谓天然农药。有些天然农药已被发现具有一定的毒性。
据《新京报》报道，2015年9月份，天津市消协在13种有机蔬菜中检出9种存在百菌清农残，涉及“北菜园”、“翠京元”等多个知名有机品牌。
环保角度考虑，有机农业中使用的植物农药，也未见得对环境友好。研究表示，这些植物农药，对环境和动物也存在一定的安全风险 。
2011年，中国有机产品认证机构有23家，而在2004年，中国有机产品认证机构更是多达36家，没有了信心。
霉菌毒素强，害虫和其他动物对农作物的伤害，还会让植物在伤口处滋生霉菌，而霉菌会分泌毒性更强的毒素。
