这是从优生学的角度，从有利于后代的健康考虑的。近亲结婚与遗传病的发生、延续有密切关系。谁的孩子像谁，说的是子代与亲代相似或雷同，这叫做遗传。遗传是由身体内的基因相同造成的。由于近亲结婚的夫妇所携带的相同基因比较多，有些遗传病，只有当父母都有共同的“致病基因”而且“相遇”时，后代才能发病。在一般的婚配关系中，这种“相遇”的机会很少。而近亲结婚的情况就不同了，这种相遇的机会明显增加，由于他们来自同一祖先，共同的基因比较多。父母和亲生子女之间，同胞兄弟姐妹之间有1/2的基因相同，祖孙之间，伯、叔、舅、姑、娘、姨与内外侄女、侄甥之间有1/4基因相同。堂兄弟姐妹、姑表、姨表兄弟姐妹之间有1/8基因是相同的;表叔、舅与侄女、甥女之间有1/16基因相同，其表堂兄妹之间有1/32基因相同。相同基因越多，致病基因相遇的机会就越多，那么遗传病发病率就越高。近亲（或称亲缘关系）是指三代或三代以内有共同的祖先。如果他们之间通婚，称为近亲婚配。近亲婚配的夫妇有可能从他们共同祖先那里获得同一基因，并将之传递给子女。如果这一基因按常染色体隐性遗传方式，其子女就可能因为是突变纯合子而发病。因此，近亲婚配增加了某些常染色体隐性遗传疾病的发生风险。近亲婚配使子女中得到这样一对纯合或相同基因的概率增加，这一相关系数称为近婚系数 (inbreeding coefficient，IF) 。
由于近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇（即纯合），因而容易出生素质低劣的孩子。据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ～ 6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。因此，根据我国目前的人口形势和医疗水平，为了尽量减少近亲结婚造成的遗传缺陷，规定直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。
根据专家估计，每个正常人身上可能携带有几个甚至十几个有害的隐性等位基因，近亲通婚会使得这些隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。人类的核基因组一半来自父亲，一半来自母亲，在近亲通婚的情况下，两个相同有问题的基因结合到一起的机会远远大于非近亲通婚的人。近亲通婚的风险到底有多大？让我们从以下婚配模式来计算：
如果在一级表亲和二级表亲之间有一级隔代表亲和一级隔山表亲通婚，则近亲指数就是1/32 ，其他类型依次类推。假设一种遗传病在人群中的比例是1/1000.
