水平基因转移（horizontal gene transfer, HGT），又称侧向基因转移（lateral gene transfer, LGT），是指在差异生物个体之间，或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流。差异生物个体可以是同种但含有不同的遗传信息的生物个体，也可以是远缘的，甚至没有亲缘关系的生物个体。单个细胞内部细胞器主要指的是叶绿体、线粒体及细胞核。水平基因转移是相对于垂直基因转移（亲代传递给子代）而提出的，它打破了亲缘关系的界限，使基因流动的可能变得更为复杂。
生物体在地球上不是独立的，有共生，寄生，真菌细菌或者病毒感染，做为食物吞食。遗传物质比如基因也会在一些生物之间互相转移，并被稳定的遗传给子代。
近年来,发现自然环境中存在大量具有转化活性的DNA分子以及能主动摄取外源DNA的感受态细胞，使得人们对环境中发生的水平基因转移有了新的认识，也必然引起人们对GEMs使用安全性的更深层次的思考。如果说自然环境微生物之间遗传物质的交流是一种正常的生态平衡系统，或者说是一种极其缓慢的优胜劣汰的进化过程，那么为了提高农业生产，甚至革新整个农业生产面貌，或治理环境污染，或其它方面的应用，人为地向环境中加入大量的人工构建的GEMs或其它的GEOs，也许是一种加速进化的“人工进化”过程，这个过程的结果是喜是忧？还是二者兼有？目前仍是未解决的问题，也是颇具争议的问题。水平基因转移及其产生的生态效应的深入研究，将有助于对GEOs做出新的评价，使得基因工程技术及转基因生物的应用发挥更辉煌的作用。
环境适应，外部环境变化会引起不同类趋向同种变异，均为适应外部环境。捕食、感染、中毒等，造成体内环境变化，也导至平行基因变导以更适应内环境。
转基因医疗技术就可以算是非遗传基因转移，利用病毒载体将基因片段移入人体替换遗传病基因片段，实现治疗目的，该技术设想自上世纪开始，目前仍未成熟自然界大部分非垂直遗传的基因转移发生在结构简单的微生物层面上，越是复杂的生物其遗传信息自我保护机制越发达，越难水平转移，否则很容易像细菌病毒一样各种变异，这就和小微企业变数多，大型企业基本面更稳定同理但是人工基因技术或许会改变这一点，迎来人工进化的革命，人工干预遗传信息从低效率的杂交到直接转基因，甚至编写基因，创造新的生物表征和新物种都是可能的，而这种变革仍然会服从大系统生态多样化可持续发展趋势，任何所谓的生态灾难最终都是以牺牲较少多样性为代价来获取更多多样性，建构更复杂庞大系统为目的如此看来，转基因技术，尤其已经广泛应用和再进一步开发的转基因食品，还仅仅是这一变革的小小序章，利用的也只是大自然中一直存在了千百万年的转基因现象进行人工化操作，以突破转基因现象只能更多的存在于低级简单结构生物体层面而已，不足为奇
