一，史密斯是末性的尼奥，当尼奥达到了“我心即道”时，史密斯自然就消失了。
二，尼奥回到本源，是通过一扇没有任何电梯通往的门，进入这扇门，需要尼奥关闭自己的六根，才能有机会回到尼奥最初来自的地方，就是混沌的无极时空。
三，尼奥是我们每个人的灵魂，安德森是在这个阴阳世界中历练的“现实”中的我们。如同电影中的尼奥一样，这个世界我们都不只来了一次。每次来，我们都与电影中的安德森一样，我们忘记了自己是尼奥，忘记了怎样让自己和尼奥成为一，忘记了怎样怎样回到那个混沌无极时空。
黑客帝国是隐射这个世界的运转方式，你所看到的听到的感觉到的 ，都不是真实的，每个人都是被设定好的，你可以参考“地球监狱论”来理解，每个人的灵魂都是不灭的，这是高维度存在，而肉体囚禁着我们的灵魂，整个世界被共济会和共济会以上的组织操控，甚至是运转方式都是设计出来的。在这个世界里的东西都不真实，你需要通过一切方法，让自己醒过来，也就是认识到“母体”的存在，你才算是真正的“活过来”。
在于探讨虚拟与真实的区别，千百年来哲学与自然的难题，涉及各种宗教的世界观，并且具有极强的人文情怀。第一部在科幻电影史上是具有里程碑意义的，把商业电影上升到哲学的角度，深入探讨了“什么是真实”这个万年问题。同时，“子弹时间“等崭新的特技效果超越了泰坦尼克号，从艺术到内涵到视觉效果都把好莱坞商业片提升到了一个前所未有的高度。当然，这个系列不简单，第一部仅仅是开了个头。
黑客帝国这部电影告诉我们，将来的网络游戏，可能不是用鼠标和键盘控制了，而是用我们的大脑控制！在你的大脑上装一个电脑接入器，你的大脑和电脑游戏里的人物完全融为一体了！你就根本分不清，你眼前的是一切是真实的，还是虚拟的。除非这时有人在你旁边，把你大脑上的电脑接入器关掉，你就瞬间从游戏里清醒过来，回到现实中，才发现刚才看到的一切，经历的一切，原来都是假的，只是在打游戏而已。
这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点。
当技术第一次在猿群当中发挥作用，促成了由猿到人的转变之后，人们就始终面临着一个问题：我们拼命地提高效率究竟是为了什么？到底是“技术服务于人”还是“技术奴役了人”？对此，芒福德将前一种信念称之为“技术有机主义”，后一种则称之为“技术机械主义”。黑客帝国，正是“技术机械主义”在影像上的最终呈现。
