三部曲的结局是救世主兑现了寓言，与史密斯同归于尽。母体得以进化，更加牢不可破。然而母体再强大，也终究是机器智慧，人类最宝贵的“自由意志”成了无足轻重的实验元素。这多少对人类观众造成遗憾，假如人类还有一丝希望抗争成功，象锡安中奋起反击机器，为自己最后一点自由和尊严而战。这必将为续集创造全新的希望和冲突，甚至可能延续新的传奇。所以，如果我写巜黑客帝国》续集，会让尼奥反思人类的命运，并为人类争取自由重建锡安，一个不同于以往屡屡被灭的人类绿洲。
为了对抗机器，尼奥作为救世主开始设法将人类的肉体转化为机器以对抗机器，于是人类意识上传至机器，人类变的比机器更强大了，尼奥率领人机合体人与机器人展开决战，因为人机合体人具有机器所有的功能和优点，而机器却缺乏人类的优点—欺骗和伪装以及爱，最后机器被人机合体人彻底打败灭绝。战胜机器人后，人类因为迷恋人机合体永生的好处而不愿意退回到肉体态而让战争结果变的极为诡异，因为还是机器在统治这个世界
在妮奥普(贾达-平姬-史密斯饰)的帮助下，尼奥与翠妮蒂决定踏上重未有人类敢于跨越的疆域——地面上的航行，穿越焦土直到邪恶的机械之城中心。在这个机器大都会中，尼奥终于与机械世界中的终极力量相遇，并制定了唯一可能拯救世界的协定。 最终，尼欧牺牲了自己拯救了人类。
尼奥死了，但是母体需要尼奥这种信仰力来更好的控制人类，所以母体复活了尼奥，但是母体跟人类并不是公平生存的，最终尼奥通过自己吸收全人类的思维提供母体，代替生活在虚拟世界的人来供母体进化的能力，换取人类解放，跟母体共同生活在地球上
SMITH把自己复制到NEO的身体里去了，而NEO真实的身体又和机械皇帝连在一起，所以机械皇帝借NEO的身体把已经失去控制的SMITH给灭掉了。NEO死了，但他以帮助消灭SMITH为条件和机械皇帝做了交易，还人类自由。
neo变成了一朵金色的莲花 象征着圣洁和永生其实neo你要是看懂了就知道 他是一个升级软件压缩包 他回到源代码 就是给母体系统升级 所以他就变成母体的一部分了作为个体的人 死了作为救世主The One的neo永生。
