海绵的领细胞和领鞭毛虫在形态上很相似，尺寸也基本一致。两者均具有糖萼（glycocalyx），
然而在分布上有一定差异。两者的鞭毛也都具有由多糖蛋白复合物构成的叶状结构（vane），
然而领鞭毛虫鞭毛的这种叶状结构相对更宽，也更纤弱。领鞭毛虫的领（collar）呈漏斗形，
近端窄，远端宽；海绵领细胞的领则基本呈现柱形。同时领鞭毛虫的领处于高度动态之中，
可以在长领的觅食阶段和短领的散布阶段进行转换；而在完整的海绵中，领的长度则是基本
不变的。
二、超微结构
两者的超微结构有很多相似之处，然而在更精细的尺度上也有一些差别。在所有目前已经描
述的领鞭毛虫中，鞭毛中的两根中央微管都会在鞭毛过渡区（flagellar transition zone）中过
渡成单根的中央丝（central filament）；相比而言，海绵领细胞的鞭毛过渡区则更为多样化。
领鞭毛虫中的非鞭毛基体（non-flagellar basal body，辅助中心粒，accessory centriole）与鞭
毛基体（flagellar basal body）总是成90，而海绵领细胞中二者的角度除了90°之外还可以
为30–45。最后，领鞭毛虫和领细胞中用来锚定鞭毛和领微绒毛的支根微管（rootlet
microtubule）放射出的位置也有区别。
三、捕食
尽管领鞭毛虫也可以将食物颗粒顺着领运至细胞表面，但更为常见的情形是其通过领微绒毛
所形成的舌状伪足将食物颗粒吞噬掉；虽然海绵的领细胞也有类似的捕食机制，但有实验表
明，较大的食物颗粒基本上都是在细胞表面被吞噬的。这可能暗示着领细胞的领或许主要起
到的是降低水流流速的作用，而不是直接过滤食物颗粒。
四、其他
领鞭毛虫和海绵领细胞的鞭毛摆动波形也有不同。二者的摆动频率也有差别，领鞭毛虫的固
定细胞与泳动细胞的鞭毛摆动频率均显著高于海绵领细胞的。并且海绵中不同领细胞的鞭毛
的摆动频率差异很大。
海绵没有嘴，没有消化腔，也没有中枢神经系统，是一个最原始的动物。布满全身的小孔内
长着许多鞭毛和一个筛子状的环状物，可用鞭的摆动收进海水，海水带进氧气、细菌、微小
藻类和其它有机碎屑，再经环状物过滤，最后变为海绵维计生存的养料。海绵不具备执行各
种机能的器官。其最重要的结构是水管系，主要由入水孔、领细胞和出水口组成。根据领细
胞的排列方式和水管的发育程度，水沟系从简单到复杂，可分成单沟型、双沟型和复沟型3
个基本型。
在领鞭毛虫体前端鞭毛基部，有一领状结构围绕着鞭毛，它是由细胞质突起形成后端有一柄，
常附于其他物体上营固着生活。如双领虫（Diplosiga）；营群体生活的如原绵虫
（proterospongia），是一个疏松的群体，外周为领细胞，里边为变形细胞，埋在一团不定
形的胶质中。对于了解海绵动物与原生动物的亲缘关系有意义。另一类鞭毛虫既有鞭毛又有
伪足，称为变形鞭毛虫（Mastigamoeba），这类动物对探讨鞭毛类与肉足类的亲缘关系有意
义。
鞭毛虫纲含叶绿素，能营光合作用，如眼虫和腰鞭毛虫。植鞭毛虫纲和藻类之间无明显区别。
某些植鞭毛虫类在植物分类学上置於藻类中。动鞭毛虫纲的成员无色，接近於动物，如共生
的超鞭虫。有的动鞭毛虫生活在白蚁和蟑螂消化道中，能帮助昆虫利用纤维素中的营养。鞭
毛虫有单独的、群体的(团藻虫属（Volvox）)、自由生活(眼虫属（Euglena）)或寄生的(锥虫
属（Trypanosoma）)。寄生的类型在宿主的肠或血流中，许多其他鞭毛虫(腰鞭毛虫)跟浮游
生物一样有的生活在海水里，有的生活在淡水中。
