客观地说，方舟子前期打假做了不少有利的工作。但后期，由于打假名声起来后，整个人变了，发表一些观点极端而无理性。比如转基因问题，中医问题，民间科研问题，奶业标准问题，她妻子的论文问题等等。特别是后面的安保基金问题，完全辜负了一些支持者的本意。并且为了证明自己正确，不惜按照自己的意愿乱翻译国外资料，结果他自己倒是变成了被打假对象。总的来说，贡献与错误分开，打假的贡献大家记得，但后续的错误也不能姑息。
方舟子的成名，无怪乎学术打假和推广转基因食品。方舟子确实在国内揭露了很多学历造假事件，打工皇帝唐骏的学历造假，就是一例。但方舟子却在打假的道路上，发现了商机。方舟子利用打假的名声鹤起的机会，搞了什么公益性的基金会，利用国内基金会的管理漏洞，抽取资金，在美国买房消费，过上神仙日子。
论学历，方舟子是上的是名校。论基础科学素养，方舟子可以碾压大部分普通人。
方舟子这种人的硬伤在于单边主义式的学术霸权嘴脸，以及日趋明显的水军化、打手化的发言方式。但这不代表他没有能力。
喜欢批判，一定程度上能促进社会的发展。批判了一些虚假的东西，值得赞扬。可以让我们知道自身的不足。希望被批判的人和物，摆好心态，认真做好实事。真实的、客观的、科学的东西不怕批判。
社会需要打假斗士，但是不需要打假无赖。
方舟子这种人对社会有好也有坏。如果他能一直坚持着打假的初心，那么他现在的风评就不会这么差。所以，方舟子这种人是需要管制的。
方舟子起码是一个受过系统训练的科学界专业人士。从方对科学相关问题的科普和打假言论的内容上看，方的讲话是比较注重实证主义和理性精神的
