由于棉籽饼、粕中游离棉酚对动物有害，因此，在使用棉饼、粕时，要根据饲喂对象及饼、粕中游离棉酚的含量加以限量。反刍家畜在有优质粗料及多汁青料的情况下，棉籽饼、粕的用量不受限制，不会造成中毒。对单胃动物要限制喂量，最好使用经过脱毒处理的棉籽饼、粕。其脱毒方法很多，如水煮法、硫酸亚铁处理法、碱处理法、浸提法等。其中以硫酸亚铁法最简单，脱毒效果亦好。肉用鸡饲料应少用含壳多的棉籽饼、粕，以免影响生长，鸡对棉酚的耐受力高于猪，但蛋用鸡饲喂棉籽饼、粕会造成鸡蛋在贮存期间发生变色反应，即蛋白呈现粉红色，蛋黄呈现绿黄或暗红及斑点状。种畜苗应避免使用，以免影响繁殖性能。同时，使用棉籽饼、粕配制饲粮要注意氨基酸平衡，尤其是棉籽饼、粕的赖氨酸含量低，且利用率差，应注意添加赖氨酸。
农村育肥牛专业户用棉籽饼喂牛十分普遍，有的农户饲料中棉籽饼的含量达到了30%，由于使用过量或方法不当，使牛中毒的病例时有发生。因此应注意以下几点：
一、适量饲喂棉籽饼质优价廉，蛋白质含量高等，不失为一种好饲料，但饲料中的含量不宜过多，一般不超过15%为好，否则易中毒。
二、脱毒处理较为简单的一种处理方法是将棉籽饼在清水中浸泡1小时，然后放入锅中蒸煮，煮沸1小时后捞出，晾凉后饲喂。煮棉籽饼的水应倒掉，不要喂牛。
三、间隔使用由于棉籽饼是蓄积中毒，最好是间隔使用，如喂半月停半月，使体内蓄积的毒素排出，以防中毒。
四、治疗牛中毒后要立即停喂棉籽饼，用0.3%～0.5%高锰酸钾溶液或2%的碳酸氢钠溶液1000～2000毫升进行洗胃。洗胃后，可灌服硫酸钠500克或石腊油1000毫升，以加快毒素的排除。另外可根据病情进行输液，强心、消炎、保肝等对症治疗。
棉籽饼、粕蛋白质组成不太理想，精氨酸含量高达3.6%-3.8%，而赖氨酸含量仅有1.3%一l.5%，只有大豆饼、粕的一半。蛋氨酸也不足，约0.4%。同时，赖氨酸的利用率较差。故赖氨酸是棉籽饼、粕的第一限制性氨基酸。饼、粕中有效能值主要取决于粗纤维含量，即饼、粕中含壳量。维生素含量受加热损失较多。矿物质中含磷多，但多属植酸磷，利用率低。棉籽中含有对动物有害的棉酚及环丙烯脂肪酸，尤其是棉酚的危害很大。棉酚主要存在于棉仁色素腺体内，是一种不溶于水而溶于有机溶剂的黄褐色聚酚色素。在制油过程中，由于蒸炒，压榨等热作用，大部分棉酚与蛋白质、氨基酸结合而变成结合棉酚，结合棉酚在动物消化道内不被动物吸收，故毒性很小。另一部分棉酚则以游离形式存在于饼、粕及油品中，这部分游离棉酚对动物毒性较大，尤其单胃动物过量摄取或摄取时间较长，可导致生长迟缓、繁殖性能及生产性能下降，甚至导致死亡。幼小动物对棉酚的耐受能力更低。游离棉酚的中毒量与饲粮中蛋白质水平、亚铁离子水平及钙离子水平有关。而饼、粕中游离棉酚的含量与制油方法及制油过程中的加热程度有很大关系。
棉籽饼是饲料原料的一种，主要是含有蛋白质，大约36%左右。由于含有棉酚(有毒)一般在使用时进行脱毒处理，并且适口性较差。建议添加量不超过5%
养牛的都知道，这两年用棉籽饼喂牛的特别多，有不少养殖户投喂的比例特别高，甚至超过了百分之三十。殊不知，这种饲养方法很容易导致牛中毒，这是养殖户们所不希望看见的。如果是希望通过棉籽饼给牛补充营养，我们还是建议使用牛羊舔砖。如果想要预防牛棉籽饼中毒，应注意防范下面二个问题：1、不用连续给牛投喂棉籽饼应该间隔开来，比如，喂半个月停半个月，使牛体内蓄积的棉籽饼毒素能够顺利排出，以防积少成多导致牛中毒。2、棉籽饼本身对牛好处多多，但是不宜过量食用，把饲喂比例控制在百分之十五以内即可。
棉籽饼是棉籽榨油后的副产物。压榨取油后的称饼，预榨浸提或直接浸提后的称粕。棉籽经脱壳后取油的副产物称棉仁饼。
