生态灭鼠通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。
化学灭鼠法是大规模灭鼠中最经济的方法。使用时应注意安全，防止发生人、畜中毒事故。化学灭鼠可分为毒饵法和毒气法、毒水法、毒粉和毒糊法。
首要铲除鼠迹、鼠咬物、阻塞鼠洞。下水最外侧出水口要有缝隙小于1公分的铁箅子，或在室内下水的铁箅子处附一层铁纱网，防止老鼠爬上来。
灭鼠毒饵:溴敌隆、溴鼠灵。水乳剂或悬浮剂可做空间喷洒或滞留喷洒。胶饵涂抹（点）在橱柜、门窗缝隙处。
可以利用鼠类的天敌来控制其数量，应选择自然界鼠类的天敌，如猫头鹰、蛇、狐、鼬、猫等，效果比较好。
减少鼠的栖息场所、繁殖场所、饮水场所、断绝食物来源最为重要。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。
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