许多人之所以接受古人类起源于非洲的说法，是因为人们在那里发现了400多万年前以及150万年到300万年前能直立行走的人类化石。50多年来，中国考古学家先后在云南元谋、陕西蓝田、安徽和县等地发现了60多处古人类化石地点以及千馀处旧石器时代文化遗址。中国考古学家认为，从以北京人为代表的直立人到现代中国人，中间没有间断，是河网状不断推进附带少量杂交而来的。因此中国的现代人类起源于本土的早期智人。北京人作为现代中国人的直系祖先之一，被写入中国历史教科书。
如今兴起的分子人类学对此提出了挑战。根据1980年代出现的“单地起源说”，现代人约于20-10万年前在非洲东部出现，并至少于60000年前进入东亚。因此，北京猿人和今天的中国人也没有关系。这一理论主要基于对现代人群线粒体DNA和Y染色体的分析。美国得克萨斯大学人类遗传学中心的科学家金力与中国一些科研单位合作研究后也撰文指出，如今的基因证据并不支持现代中国人有独立起源的说法。他们认为，在10万年前至4万年前之间的东亚地区，事实上存在一个化石“断档”期，即这一阶段的人类遗址非常少见。6万到4万年前源于非洲的人到达中国南部，并逐渐取代了亚洲大地上的古人，比如北京猿人的後代。尽管关于现代人进入东亚的路径尚有较大争议，大部分遗传学家已经接受这一观点。
然而在考古学界，仍不乏持反对意见者。其论争主要集中在少量遗传物质的可靠性、中国化石遗存的延续性以及两种异源人类之间混合的可能性上。中科院院士、中科院古脊椎动物与古人类研究所吴新智研究员表示，与基因证明相比化石证据更重要，因为它们更直接。法国古生物学家伊夫·科庞也认为，现阶段化石比基因证据更能说明问题。他认为亚洲的现代人与亚洲的古人类之间确实存在连续演化关系，在中国看到的各时期亚洲人化石有一系列共同特征。“很难相信我们现代人都是起源于非洲的”，生活距今68-78万年。
许多人之所以接受古人类起源于非洲的说法，是因为人们在那里发现了400多万年前以及150万年到300万年前能直立行走的人类化石。50多年来，中国考古学家先后在云南元谋、陕西蓝田、安徽和县等地发现了60多处古人类化石地点以及千馀处旧石器时代文化遗址。中国考古学家认为，从以北京人为代表的直立人到现代中国人，中间没有间断，是河网状不断推进附带少量杂交而来的。因此中国的现代人类起源于本土的早期智人。北京人作为现代中国人的直系祖先之一，被写入中国历史教科书。
如今兴起的分子人类学对此提出了挑战。根据1980年代出现的“单地起源说”，现代人约于20-10万年前在非洲东部出现，并至少于60000年前进入东亚。因此，北京猿人和今天的中国人也没有关系。这一理论主要基于对现代人群线粒体DNA和Y染色体的分析。美国得克萨斯大学人类遗传学中心的科学家金力与中国一些科研单位合作研究后也撰文指出，如今的基因证据并不支持现代中国人有独立起源的说法。他们认为，在10万年前至4万年前之间的东亚地区，事实上存在一个化石“断档”期，即这一阶段的人类遗址非常少见。6万到4万年前源于非洲的人到达中国南部，并逐渐取代了亚洲大地上的古人，比如北京猿人的後代。尽管关于现代人进入东亚的路径尚有较大争议，大部分遗传学家已经接受这一观点。
然而在考古学界，仍不乏持反对意见者。其论争主要集中在少量遗传物质的可靠性、中国化石遗存的延续性以及两种异源人类之间混合的可能性上。中科院院士、中科院古脊椎动物与古人类研究所吴新智研究员表示，与基因证明相比化石证据更重要，因为它们更直接。法国古生物学家伊夫•科庞也认为，现阶段化石比基因证据更能说明问题。他认为亚洲的现代人与亚洲的古人类之间确实存在连续演化关系，在中国看到的各时期亚洲人化石有一系列共同特征。“很难相信我们现代人都是起源于非洲的”，生活距今68-78万年。
人从哪儿来？这是人类对自我认识过程中的一个永恒追问。它不仅是哲学家追问的问题，古生物学家、考古学家也在力图通过化石等手段寻找答案。现代人类祖先“走出非洲”，该观点的得出是基于非洲许多古人类化石以及遗传学的发现。不过，走出非洲后人类祖先又是如何迁徙演化的，这也是一个难题。中国科学院昆明动物研究所张亚平院士带领的团队，在亚洲各民族人民基因中寻找到了答案。
遗传学考古，母亲的线粒体DNA代代相传。追溯遥远过去的事件，在一些人看来似乎只有考古学、地质学才具备这样的能力。两者通过发掘埋藏在地底下的化石遗存，再通过各种手段，来鉴定并推测它们的年代、特征，并由此推测出一些观点。
那么，遗传学家又是如何寻找来自古代的线索呢？从生命构成来说，每个生命都是由无数个细胞构成的，每一个细胞内含胶囊状的线粒体，线粒体的数目可以从1000个到10000个不等。线粒体为细胞的活动提供能量，所以有“细胞动力工厂”之称。除了参与细胞分化、细胞信息传递和细胞凋亡等过程，线粒体还拥有自身的遗传物质和遗传体系。
在每一个线粒体内，大约有2到10组线粒体DNA。对动物而言，受精卵中的线粒体DNA主要来自母亲；植物略有变异，但也主要来自母亲；真菌则源自双亲。所以，通过研究人体内的线粒体DNA，就可以追溯这些人是否共有一个“远祖母”。这正是张亚平院士课题组所采用的办法。
惊人发现，元谋猿人北京猿人与现代人没关系。这个关于亚洲人群进化的研究课题持续了很多年，张亚平院士指导的研究团队通过对超过6000个样本的验证，发现这些样本中的线粒体DNA都追溯到了非洲。没有发现任何像元谋猿人、北京周口店猿人这样的古人类对现代中国人有贡献。当代的中国人都有一个很近的非洲祖先。那么，为什么北京人、元谋人等古人类，他们的基因没有传递下来呢？有些研究认为，冰期的恶劣气候条件可能是导致古人类灭绝的重要原因。
显然，对于中国现代人种起源何处的问题，还需要更多的科学研究，才能得出确切答案，目前尚无法下断言。但有一点是肯定的，那就是近代以来，中国人对自己起源的看法发生了很大变化：晚清时期，人们要通过证明自己来自西方，来寻求自信心；而在当代，人们则希望得出现代中国人是独立发展而来的结论。
在《自然》杂志的文章中，作者引述一位西方研究者的话说，“中国人不接受智人在非洲演化的观点，他们希望一切都来自中国”。这一说法并非没有依据，金力坦承，他在做东亚人Y染色体之初的想法，即是“尽管科学家以事实论证，不应该有感情色彩，我还是带有感情色彩。我一直在想能不能从现代亚洲人当中找到哪怕一个反例证明他不是从非洲来的。”不过，他终究是一位严谨的科学家，选择了相信自己的研究成果，而不是感情。
《自然》杂志发表了一篇题为《中国正在改写人类起源学说》的文章，谈到在现代人起源问题上，中国学者同世界主流学界的分歧。如今越来越多的证据表明，现代人的祖先全部来自于非洲；而大多数中国学者则坚持认为，现代东亚人的祖先是以“北京人”为代表的亚洲直立人，同来自非洲、欧亚等其他地区的人种混合繁衍而来。
其实有关中国人起源问题，早在晚清时期，就多有争论。后来随着考古发掘的深入，及现代科学的进步，问题的答案才变得日趋统一。
