问题的质疑很到位，不仅要看进化史，还要看历史与文化史。女娲不是蛇而是蛙（娲，古时读“呱”，正是青蛙叫声），而伏羲确实是蛇。把女娲从蛙变成蛇的是一场精心策划的阴谋。
人类史前经历过几个时代，原始群、氏族、部落、部落联盟，直到国家的出现。女娲和伏羲都是氏族时代的标志。他们所代表的不仅是实体的领袖或神，而更是两个阶段，女娲代表的是母系氏族，而伏羲是父系氏族。
一切都要从性说起。人类是一个把生殖上升为性的动物-裸猿，生殖是为了繁衍，而性同时也为了愉悦。性又产生了爱情，结合男女的社会分工与财产观念，又出现了婚姻。婚姻构成了家庭，家庭构成了氏族，氏族组成了部落，部落形成联盟。在权力与财富的影响下，社会精英们在联盟的基础上创造了国家的概念。
而蛙与蛇正是生殖崇拜的两个符号。蛙是生命力与生殖能力的代表，大腹便便的形象也和孕妇类似，象征着子宫与怀孕，代表了对女性的生殖崇拜，其他符号还有鱼、月亮。蛇与男性生殖器相似，进攻性强，是男性生殖崇拜的符号，其他符号还有鸟、太阳。无论在中国还是全世界母系氏族的产生一定是早于父系氏族。而之所以有人把伏羲放在女娲前面或并列，还把女娲整容成蛇（始自汉代），实质上是男权主义对过去的一种抹杀。是男权社会宣扬纲常伦理的一块遮羞布。
女娲是蛇身的模样有好几种解释，我认为比较合理的有两种。第一是错觉，会不会因为某种长条型的物体遮挡住了女娲的下半身，让古人们错以为是蛇的身体，并不断的神话演变成我们现在看到的模样。（如：DNA双螺旋结构、喷气式战斗机）第二是幻觉，女娲有一日七十种变化的能力，由此可知，女娲必然不会是碳基生物（碳基分子很稳定），有可能会是一种气态物质或者等离子形态，而这种生物没有腿，是一种飘忽于空气中的模糊生物，从而让原始人看到女娲的腿是一种类似于蛇一样的形状。
当代科学的解释认为女娲蛇身源于古人们对蛇的繁育能力的崇拜和惧怕所产生的，我个人不认可这种说法，首先蛇并不是繁育能力最强的动物，而我们也没有再看到有其他人首动物身体的神灵出现，其次说惧怕有点道理，但也不是很准确，同样在远古时代，让古人惧怕的动物也很多。
我认为，人首蛇身应该着眼于现实，找寻更合理的答案，古人编纂的故事，必然是亲眼目睹过人身“蛇尾”的生物。
人首蛇身的伏羲女娲本不是地球人，他们来自外星，外星引力比较大，匍匐前进可以降低身体重心减轻下肢负担，但他们来到地球之后，发现地球生物比较低级，无法承担他们的脑波注入，他们决定制造一种新的生物，既有大容量的大脑，足以承担外星人的脑波注入，又要能适应地球的环境，所以他们利用基因嵌段技术改造了大量的生物，在里希望能在里面找到一种新物种，足以适应地球，于是利用自己基因片段和地球原生物种野猿基因制造了人类，没想到，其中做实验的九头蛇意外苏醒，打破了实验室，所以大量怪异生物逃离，所以山海经记录了大量奇怪的生物，人类也从实验室逃脱，这就是为什么八岐大蛇前身是柳相，而被左须知男斩断一头一尾后，变成八岐大蛇，八岐大蛇尾巴发现一把日本三神器之一草薙剑，其实是外星人的手术刀，而人类的祖先是女娲和伏羲，以上观点来自小说《远古大陆传说》，若有侵权，请作者联系本人，删除评论。
传说伏羲和女娲是兄妹，远古洪水把人类文明全部淹没了，活下来的只有他们兄妹俩，于是伏羲就提出来要和女娃结合，否则人类就灭绝了，女娲不大同意，毕竟是近亲不能结婚嘛，于是俩人就约定，把两扇磨盘从山上滚下山，如果合二为一了那么就是天意让他们结合，结果真的合二为一了，女娲还是有所顾忌，就提出来俩人各燃一堆狼烟，如果烟也合到一起就同意结合，结果也合到一起了，于是两人结合人类就得到繁衍生息，有了现在的人。
这个传说告诉我们，女娲和伏羲是近亲结婚，而且他们的儿女，孙子孙女们也逃脱不了近亲结婚，我们都知道近亲结婚是会产生变异的，那么就可以认为远古人类都是人首蛇身，由于近亲结婚的原因，导致现在的人类变成这样了。
第二段纯属瞎说逗大家一乐，千万别当真。
在上万年前女娲帝就定下天规，不管你是大罗神仙或妖魔鬼怪在人间法力一切尽失，不得使用饶乱人间，念人间人一世不容易，短暂所以，人间就少了毁灭，不要出了什么事就满天骂神不帮人间打日本鬼子，有许多童子童女们到了人间和人一样，一双手，去拼搏，他们一样热血散在战场上，天家的事，你们不知道的更多更好。那些真正帮助别人的人都会不留名，不是满世界吵嚷着自己是谁，我们为什么叫龙的传人，女娲帝就是龙，他儿子贞德天帝（盘古）也是龙，我们有龙祖先，就是龙的后熠
毛毛虫，蛹，蝶，生命各个时期的形态而已。人死了做了鬼(地仙)，人死了成了神(天人)，人只是类似蝶下的某一态。女娲造的我们，我们称为龙的传人，女娲蛇身，那么推测，龙形态便可能是蛇身人面女娲的低态。化生的龙领着禀天地气的人，这座次安排的，也不能挑出错来。至于高态肯定都是天人态，人本来就是按那态的形状造的，所以佛经有言：人身难得。
