鳄鱼的热生物学与其他爬行动物的大相径庭。由于鳄鱼比其他爬行动物的体积更大，所以其体温升高或降低的过程就不单单是几分钟的问题，而是几小时甚至几天。它们两栖生活的习性和巨大的体型使它们有效地利用水作为热源和散热源。一只浮于水面的短吻鳄就像是一个热量分流器——在吸收直射的太阳光的热量的同时，又将热量散发至水中。最终，它们的热反应会因气候、社会性相互作用、年龄、体型大小、繁殖状态、消化状况、传染病等多种因素的改变而变得复杂起来。一只饱餐一顿的鳄鱼会花更多的时间晒太阳，这样，随着体温的升高，它们的消化会更快。感染了病原体的动物会选择升高体温，以增强对疾病的抵抗力。由于体温直接控制新陈代谢率和能量的利用，因此，诸如生长、繁殖等重要过程最终也由体温调节来决定。鳄鱼全身都是宝，研究证明，鳄鱼体内具有独特而显著的生理活性物质，它可以杀死当前其他抗菌素无法杀灭的致病细菌，是一种新的存在于鳄鱼体内的抗菌素。这种新型抗菌素是从一种咸水鳄鱼在血液中提炼出来的，因此被命名为“克罗克迪林”在英文等文种中是“鳄鱼”的意思，因此“克罗克迪林”就是“鳄鱼酊”之意。
与龟和蜥蜴不同，由于所有的鳄鱼都没有性别染色体，因此所有的鳄鱼都遵循TSD模式。尽管种类之间存在微小的差异，但所有的TSD模式都是异常一致的：在低孵化温度（28～31摄氏度）下，孵出雌性；在中等孵化温度（32～33摄氏度）下，孵出雄性；而较高孵化温度（34～35摄氏度）下，孵出的大多数甚至全部都是雌性。因此，这样一个“雌-雄-雌”的分布模式就是TSD模式的特点。温度影响性别是在热量敏感度的关键时期，即发育第3阶段的中期实现的。事实上，温度到底如何决定胚胎性别仍然是个谜。性激素，特别是雌激素也扮演着重要角色。对短吻鳄而言，新产下的卵的卵黄含有多种性激素。这些雌性激素很可能就决定了后代的性别-----特别是在可能孵出两性的过渡性温度下。来自环境中的激素可能也会影响到胚胎的发育。涂在卵壳上的雌激素可以改变高温孵化下胚胎的性别-----雄性变为雌性。一些污染物，例如PCBs和DDT的衍生物可以使短吻鳄的卵和龟的卵更易孵化出雌性后代。
人工繁育过程中添加激素以孵出雌性个体的方法有利于动物的保护。雌性何时产卵，在哪里筑巢（太阳下或阴凉处）对其产下后代的性别比都有重大影响。雌性会精心选择筑巢地点，并常常修一些试验性的巢穴，这是因为热量的分布相当重要。在南印度，泽鳄在土壤温度较低的清晨筑巢，而这种情况下孵化出的后代多为雌性。然后，随着土壤温度的上升，孵出的就大多为雄性了。孵化温度往往在同一巢内都有不同-----在巢上层的卵发育成雄性，而下层的卵发育为雌性，或者正好相反。温度上0.5～1摄氏度的差异会导致性别比的显著不同。另外，干燥和低水位会导致孵化温度更高，而多雨和高水位会导致孵化温度变低。在野外，短吻鳄的孵化后代的大多数年份更多的为雌性，但在高温少雨的年份里雄性却又更多。可以想象，气候的改变可以导致某一性别的过剩，从而最终导致种群的灭亡，但鳄鱼作为一种古老的动物，它们的持续生存是不会遵照这种简单的“剧情”发展的。
