如果乙肝治疗不当就会破坏人体的免疫系统，这样会给患者带来严重的危害。这是因为人体在感染乙肝病毒后，人体的免疫系统会与病毒之间进行长期的争斗，若治疗不对症，很可能会损伤人体的免疫。这样到最后会使患者处于无免疫应答或免疫应答低的状态，会对患者的治疗带来很大的困难。由于目前治疗乙肝没有特效药，所以患者在治疗乙肝的过程中病情很容易慢性化。这样就需要的治疗时间比较长，会影响患者的学习和工作。如果有的患者没有及时的进行治疗或者治疗方法不当，就会加重对肝脏的损伤，导致病情越来越严重，可发展为肝硬化或肝癌而死亡。乙肝治疗不当会导致乙肝病毒变异以及产生耐药性。这是因为乙肝病毒生命力异常顽强，如果治疗不当就会导致乙肝病毒出现变异。而乙肝病毒一旦发生变异，人体的免疫系统就分辨不出了，继而产生免疫耐受，这样就无法全面彻底地清除乙肝病毒。
如果乙肝治疗方法选择得当，乙肝患者病情恢复的好，并且病情长期稳定后，乙肝患者是可以停药的，但是乙肝患者停药后仍然有许多需要注意的地方，因为稍有不慎就会导致乙肝病情的复发，那么乙肝治疗停药后需要注意什么呢？
注意定期检查，避免过度劳累，养成良好饮食习惯。会导致乙肝病毒变异，甚至产生耐药性。乙肝病毒生命力异常顽强，乙肝病毒常常会变异，这在滥用药物的情况下更容易发生。乙肝病毒一旦发生变异，人体的免疫系统就不“认识”它了，继而产生免疫耐受，无法全面彻底地清除乙肝病毒。之前使用过并被证明有效的药物也将失去用武之地。最终将导致多种药物失效，病情更趋严重。破坏免疫系统的功能。在人体感染乙肝病毒后，乙肝病毒与免疫系统之间的“战斗”将贯穿整个疾病的始终。若治疗不对症，很可能损伤人体的免疫功能，最终将使人体处于无免疫应答或低免疫应答的状态，使治愈变得更加遥遥无期。
乙肝病毒变异耐药发生：由于在长期的使用乙肝药物的时候，乙肝病毒常常会变异，这在滥用药物的情况下更容易发生。乙肝病毒一旦发生变异耐药，就无法全面彻底地清除病毒，最终导致乙肝恶化的症状出现。对于肝脏的损害加重加深，一些乙肝患者治疗不当，用药不科学合理，或者不加节制地使用药物，其药物的副作用就会加重肝脏负担，导致病情越来越严重，很有可能造成肝硬化、肝癌的发生。乙肝治疗不当的危害还表现在可能引起其他的一些并发疾病发生：慢性乙肝易继发脂肪肝，常在肝炎后发胖，血清谷丙转氨酶(ALT)中度升高(转氨酶高的原因)、血脂升高，肝脏B超检查呈脂肪肝波型。自身免疫系统被破坏：乙肝治疗不当的危害通常会因为乙肝病毒的影响，造成乙肝患者的免疫系统被破坏。在人体感染乙肝病毒后，乙肝病毒不断的对于身体健康造成损伤，最终将使人体处于无免疫应答或低免疫应答的状态，使乙肝治疗难度加大。
HBV-DNA为阴性、肝功能正常的“小三阳”患者暂时不需要治疗不等于不需要治疗。肝纤维化可在肝功能检查正常的情况下悄悄发生，慢性乙肝患者在长期检测病情中要特别防止肝纤维化的发生，对于经济条件好的可适当做一些预防性的治疗。乙肝病毒长期存在会发生变异，并且作为一种异物存在会使肝脏发生炎性反应或主动攻击肝脏，造成肝脏的损害或发生纤维增生，而这一过程常常是无症状的，且肝功能检查无异常，长期带病坚持工作的肝脏，在发生纤维化甚至肝硬化之后再治疗，治疗起来十分棘手，甚至出现令人十分遗憾的结果。
