吸烟会引致肺癌。90%的总死亡率是由吸烟所导致。一个人每天吸食十支烟，其患病率是非吸烟人士之十倍。被破坏的细胞不能回复正常。初期病徵不会被察觉，直至癌性细胞漫延至血管及其他器官。吸烟亦会引致肺气肿，肺部支气管内积聚之有毒物质，会阻碍人体吸入之空气正常呼出，令肺部细胞膨胀或爆裂，导致患病者呼吸困难。
长期吸烟可使支气管黏膜的纤毛受损、变短，影响纤毛的清除功能。此外，被动吸烟和主动吸烟对咽喉部导致的刺激几乎是一样的。 吸烟的人烟里面的有害物质刺激、损害咽喉部粘膜，最容易使得咽喉发炎，形成咽喉炎;而长期吸烟的人则使咽喉经常处于发炎状态，不治疗的话便会是咽喉炎转变为慢性咽喉炎。
男性咽喉炎患者吸烟比率很高，尤其是烟龄长或每日吸烟超过10支以上的人，因其咽部粘膜抵抗力差，遇有不同因素刺激，容易发作咽炎。在慢性咽炎的病因中可以发现，长期烟酒过度，以及受粉尘、有害气体的刺激，都可引起本病。
吸烟会引致多种脑部疾病，会减低循环脑部之氧气及血液，引致脑部血管出血及闭塞，而导致麻痹、智力衰退及中风。中风原因是吸烟导致脑部血管痉挛，使血液比较容易凝结。吸烟者中风机率较非吸烟人士高出两倍。
吸烟是导致慢性阻塞气管疾病的主要发病因素。因为吸烟能引致支气管上皮细胞的纤毛变短和不规则及其和运动发生障碍，降低局部性抵抗力，容易受到感染。
吸烟会加重肝脏负担。经常抽烟会影响肝脏的脂质代谢作用，令血中脂肪增加，使到良性胆固醇减少，恶性胆固醇增加。这个原因令肝脏的解毒功能增加负担。
