《萤火之森》讲述的是一个喜欢拥抱的小女孩，但却爱上了一个没有办法拥抱的人。
一名人类少女竹川萤，六岁的时候在夏天的森林里迷路时，与银相遇，被银救下后，银是一位住在森林里、戴着面具的神秘少年。
自称是“妖怪”，平时都戴着类狐狸面具，不会衰老，但被人类碰触便会消失，但两人还是渐渐成了好朋友。
萤每到了暑假便会到爷爷家玩，借此和银碰面，后来喜欢上银。自身喜欢一高兴就扑向别人，但因为银被人类触碰就会消失，所以萤总是克制住自己，银后来也喜欢上萤，但也不敢触碰萤。
就这样，每年的夏天，在妖怪们的注视下，萤和银隔着一根木根或者是一块布什么样的东西，就像恋爱般的情侣那样，漫步在夏日的森林中，进行着他们“无法拥抱的爱恋”。
就这样，萤和银度过了一个又一个的夏天，而且由于萤的成长，双方的感情也发生了奇妙的变换，直到一天，妖怪们办起了庙会，萤和银也如往常一样，像情侣般的去参加了庙会。
其中人类的孩子也参加了进来，小孩子并不知道这是妖怪的庙会，而妖怪们也十分喜欢这几个孩子，气氛十分欢乐，庙会结束后，萤和银如往常一样，像是情侣却又保持距离的走在回家的路上。
这时，一个人类小孩从他们身边走过，小孩差点摔倒，而银下意识的以为是妖怪，所以赶紧拉了一把，触碰小孩后，银的身体开始逐渐消失。
这时候的表现就显得奇妙起来了，银先是惊讶一下，随即对萤张开双手微笑起来，萤也从惊讶中回过神来，微笑着和银拥抱起来。
这时，萤终于能如愿以偿的和自己爱的人拥抱，哪怕只有一次。在那一个拥抱中，两人都笑的无比开心，随即银在拥抱中消失了，萤却一直抱着银的衣服，头也埋在衣服中。
萤在这一天拥抱了自己的爱人，也在这一天失恋了......
不过我想，因为是喜欢的人，所以即使只能拥抱一次，也能让自己变成这个世界上最幸福的人，希望你们也可以不留遗憾，拥抱到自己喜欢的人。
如果这辈子只有一次触碰自己喜欢人的机会，那么我一定会留到最后，在前面的时间我会一直守护着她，如果到了最后不得已的时候。我就会完成自己的心愿。
