1、多增一档减税：
环境保护费：只规定了一档减排减免，即企业污染物排放浓度值低于规定的污染物排放限值百分之五十以上的减半征收；
环境保护税：多增一档减排税收减免，即纳税人排放应税大气污染物或者水污染物的浓度值低于国家和地方规定的污染物排放标准百分之三十的，减按百分之七十五征收环境保护税；
2、收入全归地方；
环境保护费：中央和地方1比9分成；
环境保护税：考虑到地方政府承担主要污染治理责任，将环境保护税全部作为地方收入，中央不再参与分成；
3、收费标准：
环境保护费：国家只规定下限而未规定上限，各省份可上浮收费标准；
环境保护税：既有上限又有下限，大气和水污染物的税额下限沿用排污费最低标准，即每污染物当量1.2元和1.4元，税额上限则设定为下限的10倍；
4、征收主体：
环境保护费：由环保部门征收管理；
环境保护税：由环保部门改为税务机关，环保部门依法监测管理企业排污，并确定企业申报、税务征收、环保协同、信息共享的征管模式。
