根据建设部2005年《村庄人居环境现状与问题》调查报告，对我国具有代表性的9个省，43个县，74个村庄的入村入户调查显示：96%的村庄没有排水渠道和污水处理系统，生产生活污水随意排放；80%的村庄将垃圾堆放在路边甚至水源地、泄洪道以及水塘边，造成河流、水塘及地下水污染，严重影响环境和危害居民身心健康。
1. 农村污水收集难度大
96%以上的村庄没有排水管道，乱泼乱倒现象严重，雨水、污水和尿液大多一起排入坑塘。农村生活污水的收集问题是制约农村污水治理的直接原因。
2. 管理不到位
近年来，我国虽然已经制定了一些农村生活污水处理技术，以及建设了一些污水处理工程，但正常运行的较少。由于管理不到位和技术人员的缺乏，建好后无人看管，导致大部分工程处于瘫痪状态。
3. 地域广阔和资金不足
据统计，截止2013年底，农村人口占全国总人口的50%，表明全国50%的生活污染负荷分布在农村。由于农村经济落后，农村污水的治理过程中需要有足够的资金来源，用于工程建设和后期的运营管理维护，从而成为制约农村污水治理的一大难题。
4. 政策不完善和观念落后
农村环境保护的相关机构不健全和政策不完善，大多是理论性文件，实际操作性能差。
同时，由于生活习惯问题，在起步阶段，由于村民的环境保护意识较差，故实现观念的改变仍需要较长时间。
随着经济的快速发展和城市化进程的加快，我国农村污水排放量呈逐年递增趋势。但与此同时农村污水处理现状却让人堪忧。
长期以来，经济相对落后的农村村镇与小区污水的处理没有收到应有的重视，除某些水源保护区的城镇或小区有简单的生活污水处理装置外，绝大部分处于放任自流的状态。污水处理率很低，缺乏配套的污水处理设施。
由于农村人口居住分散，排放的污水大部分未经处理就直接排入附近河道。农村村镇和小区几乎没有完善的排水管网，村镇之间，小区与城市排水管网间的距离远，污水管网系统的投资费用高，给生活污水的收集和集中处理带来难度。分散排放的污水成为村镇水体污染的重要原因之一。
资料显示，我国农村每年产生生活污水约80多亿m3，而96%的村庄没有排水渠道和污水处理系统，生活污水随意排放。而这些污水大部分未经任何处理就近直排放河道、湖泊，使得水体污染越来越严重，民众要求对此加强控制与治理的呼声越来越高。
通过对多年的农村水处理工程建设经验的总结，发现农村污水一般具有如下特点：
水处理设施处于欠缺状态，随着用水量的增长，污水排放量越来越大；
污水来源于餐厨废水、洗涤废水、沐浴废水和厕所污水，来源广且污染物浓度低，变化大；
农村地区居民居住分散，对污水进行统一处理的难度较大。
