淹没
1.建坝后，水位在坝前壅高形成回水，在回水范围内，耕地、矿藏、名胜古迹（三峡大坝）等被淹没；工厂、铁路、公路、设施需要拆迁；居民需要迁移，城镇需要迁建。土地和设施的赔偿费，拆迁费用相当庞大。但以三峡为例，城镇迁建后规模明显扩大。
2.滑坡、坍岸
岸坡浸水后，掩体的抗剪强度降低，在水库水位降落时，有可能因丧失稳定而坍滑。库区大范围坍岸，会加剧水库淤积；而坝址附近的滑坡，将给工程的正常施工和运行带来极为不利的后果。如意大利瓦伊昂拱坝库区滑坡。
3.水库淤积
由于水流入库后流速减小，挟沙能力降低，使泥沙颗粒先粗后细逐步下沉，造成淤积。淤积不仅会使枯荣减小，缩短水库寿命，加大淹没损失，还将影响电站和航运的正常运行。基本措施是上游封山育林、退更换林等。
4.生态变化
建坝蓄水对生态环境有很大影响，受影响的有库区和下游陆地生态系统，也有河流水生生态系统或直至河口生态系统。例如，水库淹没影响陆生植物生存，并破坏其生存环境。又如，水环境变化对珍稀、濒危水声生物的种群、数量、栖息场所、繁殖场所有致命影响。典型有长江中华鲟，长江个葛洲坝、三峡等截流后，中华鲟洄游到其上游产卵的通道被隔断，如今已采用人工繁殖，人工过坝等方式解决以避免中华鲟的灭绝。
5.水质变化
水库蓄水后，由于库区内生物机体的分解，增加了库水的肥力，有利于水中微生物的繁殖，对鱼类生长有利。但如清库不彻底，过多的有机质在库底分解，吸收深层水中的氧，产生硫化氢，也可使水质变坏。还有水质的富营养化。
6.气象变化
水库形成一定的水域，大的水域能改变附近地区的小气候（多雾、降雨形态变化、气温变幅减小等），并使枢纽附近地区的生态 平衡发生改变。
他们在较早前启动的“世界河流状态”网站控诉大型水坝建造者对自然环境的破坏。这个在线互动演示网站显示了水坝对密西西比河、亚马逊河、多瑙河和长江等河流产生的影响。研究结果显示，水质受到的影响最为严重。密西西比河流域被视为受影响最严重的地区之一。这条美国最长的河流有着703座水坝。密西西比河流域的水电站数量在全球河流中居首位。水电占美国发电量的9%左右，相比之下巴西达到80%，为全球水力发电大国。
国际河流组织曾对中国规模巨大的三峡大坝工程提出抗议。这个建于长江之上的大坝导致严重的环境破坏和成本超支。该大坝号称有着全球最大的发电能力，迫使一些长江支流改道，导致沿江居民区的垃圾汇聚下游，《纽约时报》将其戏称为“垃圾群岛”。山体滑坡的问题挥之不去，在2006年三峡大坝投入运营后的几年中尤为严重。同时，包括国际河流组织在内的批评者还指责中国政府无法安置因大坝建设而搬迁的140万民众。
诱发地震
20世纪60年代以来，世界上有不少大水库在蓄水后发生了地震，如我国新丰江水电站地震6.1级，坝址烈度达到8度。产生诱发地震的库区一般存在近期活动性地质构造，地应力较高，有局部应力集中。当水库蓄水后，岩层中的孔隙水压力增加，使原来稳定岩体中的地应力状态发生变化，地块活动随之增强。
卫生条件
耕地盐碱化、形成沼泽地带、孳生蚊虫和其他有害的微生物。
还有下游的河道冲刷，河道水质等问题。
虽有上述诸多问题，但水资源的丰富和可再生等优点是其他资源无法替代的。而且其防洪发电的效益非常巨大，如三峡，与98年相当的洪峰现如今的三峡水位涨幅不超过1米。
