在农作物的生长过程中，往往是多种害虫混合发生或者病虫混合发生，危害高峰时，常常出现害虫集中暴发和迁飞性害虫的大量迁人等，而农民用药防治也常常在这个时期进行。在这些情况下，单独使用生物农药，很难达到理想的控制效果，只有合理地与一定的化学农药混用或者与速效性的化学农药交替使用，才能达到理想的控制效果。
例如：针对害虫的迁飞特性，在生物农药中加入低剂量的化学农药，可降低害虫的抵抗力，为害虫病原微生物的侵入创造条件，同时害虫被病原微生物侵染后，又降低了对化学农药的抵抗力，这样两者相辅相成．从而起到了增效的作用。针对春季小菜蛾与斜纹夜蛾混合发生的情况，可用Bt加一些化学杀虫剂达到兼治的作用。此外，在病虫发生量比较轻时，采用生物农药。当病虫发生比较严重时．可采用速效性的化学农药处理后，再采用生物农药进行控制。当然混用的时候，要注意药剂的性质．不能随意混用。如Bt不能同碱性农药混用，微生物杀虫剂不能与杀菌剂混合使用。此外，一定要注意现混现用。
总之，要想充分发挥生物农药的作用．就必须树立科学使用的意识。使用前，认真阅读使用说明书，并争取在当地技术人员的指导下使用。在应用生物农药时，要根据实际情况，采用合适的生物农药及相应的应用技术，并随时注意在使用过程中出现的问题．扬长避短，才能充分发挥出生物农药的效果和优点，促进生物农药在农业生产中的推广、普及和应用，确保农业的安全生产。
其实，多多少少的都会有影响的：
1、生物农药，如XX霉素、菌素之类的，杀菌剂还好，杀虫剂就算有效果，也都是在2天之后起作用的，有些甚至对当代害虫无致死效果，只影响产卵或下一代的发育的而农民用药，尤其是杀虫剂，都是要立刻见效的，不能立刻见到死虫，这药就没作用，因此纯粹的生物农药，市场很小。
2、纯粹的生物农药没有作用，而中国的农药企业很聪明，于是挂羊头卖狗肉，里面添加各种隐形成分，于是进一步扰乱市场。
3、生物农药还有一点是抗性问题影响比较大，有个产品叫苏云金杆菌的，刚出来时特别火，现在基本烂大街没有用了。
4、有些生物农药，对使用时期、方式、频次、用量都有比较严格的要求，而目前的实际用药水平还达不到这种要求，于是悲剧了。
对人没有危害不代表对环境没有危害，在去除害虫或者杀菌的同时肯定会影响到其他的生物。
虽说有特异性，但是没有那么强，破坏环境中生物群体结构是肯定的。
1、首先生物农药控制有害生物的作用机理是利用某些特殊微生物或微生物的代谢产物所具有的杀虫、防病、促生功能。
2、因为其有效活性成分完全存在和来源于自然生态系统，所以在环境中会自然代谢，并极易被太阳光、植物或各种土壤微生物分解。并不会对水体、土壤造成污染，都有一定影响。
