从他评价韩寒开始，一个研究分子生物学的博士居然跑来评价文学作家，就是一个博眼球的货，打假打假，看着就像打架博眼球，还有和崔永元关于转基因食品的讨论，一点没有站在人民的立场上，还有人生攻击，就事论事，还带人身攻击，说急了，就是说，而你不是研究这个的，你没有权利没有资格来论述这个，是这原是主持人，不是研究分子生物学的。
不学无术，卖弄学识（他所谓的学识），自始至终对国内种种问题进行批驳，且自以为傲。龟缩他国，始终扮演跳梁小丑之角色，不顾是非，大放阙词乃至信口雌黄。得理不饶人，（但凡他占了理就一口咬死不放的疯狗行为）。无理耍无赖。（参考他和老罗的一系列作为及对于中医、转基因的荒诞理论）总是要达到自己的目的，对人对事总吃否定、诋毁态度。崇洋媚外，全盘西化且不接受批评，不接受反驳。最主要的是他已经完全失去了一个作为国人的思想觉悟，完全可视作外族。就他这个思想觉悟基本上也就告别回国这种事了。
一个生化博士，科普作家，不讲生化科普知识，却喜欢扯八卦，比街彷大妈还八卦，评判人和事搞双重标准，断章取义。反正这人越来越恶心！
在非你莫属这档节目中，方舟子与其他的嘉宾对待一个，草根科学家的研究成果不屑一顾，并进行嘲讽的时候，我对他没有任何好感。
他站在孟山都立场宣传转基因，说转基因对人没有伤害的时候。我查了很多资料，欧洲科学家做了很多小白鼠实验，证明转基因三个月内对幼鼠的脏器都有不同程度的伤害，他还在替孟山都吹捧。
具体细节记不太清了，是有个节目，方舟子是评委，一个好像是初中学历的人自学高深的物理学，当他想讲他的引力波研究成果时，才刚说了引力波的概念，还没说他的研究成果，方舟子立马否决，说没有引力波这东西，还嘲笑他说一个初中学历的人怎么怎么的（大意是说一个初中学历的还研究物理学，还研究引力波这种不存在的东西）。从此以后对他没好感，自己不懂就算了，还不让别人展示，还瞎批判。
