不存在的。
截止到目前，甚至在可预期的将来，人类所能得到的最纯的单质，是硅。
因为如今的半导体行业十分发达，需要高纯度的硅来进行芯片设计，所以在强大的工业需求之下，科研人员（俗称科研狗）研究了各种工艺与技术，以寻找最合适的提纯方法。在及其理想的实验室条件下，最高的纯度为99.99999999999999%,可以数晕了，总共有16个9。不过这算个啥，距离你说的百分之百纯度还远的很呢（哈哈，我就是卖萌，你来打我啊）。
至于你所说的操纵分子（原子）的方法，那是针对微观尺度而言的。但在宏观尺度上，百分之百纯度的物质是不可能实现的。
就拿你说的金来举例好了，金的相对原子量（取整数）为197，就是说1mol的金原子的重量是197g。1mol代表着有6.022乘以10的23次方这么多个原子，那么我们大概估算一下如果按一个一个堆积金原子的方法，需要多长时间才能制造出197g（也就是不到四两）的纯金。
我们假设每个人每秒钟能堆积10个金原子（貌似有点快啊），再假设操纵原子的难度不会因原子个数的增加而增大（话说这个好难的），然后我们让全世界60亿人来做这件事（听起来很无聊），那么假设全地球的人不吃不喝，就陪你干这个事（天啊，这简直不忍直视了。。。）。一天能堆积的原子数为：10*60*60*24*60亿=5.184*10的15次方，一年为1.89*10的18次方。需要30万年啊（泪奔了。。.）。
凡是自然界中的物质是没有100%纯的东西的。黄金矿在初期挖掘出来时,一块金矿石含有大量的其它物质,经过后期加工提纯后才有24K金.24K金实际上是999金即我们讲的含金量99.9%的黄金,现在随着科技发达提纯工艺技术提高,有了千足金(含金量99.99%),万足金(含金量99.999%)但是至今没人敢说能加工出100%的纯金.
理论上24K是纯金指含金量100%，但是市场上是没有这种金饰品的。
现在主要有足金，指含金量为99%；千足金，指含金量为99.9%。然后还有18K，含金量为75%。
100%纯度的东西是不存在的，24K只能说是近似纯金的
没有什么事情是绝对的，只能无限接近。就好象有一个真实值，大家是不知道的，大家能做的，就是控制实验条件，找到一个无限接近于真实值的数值
在『真空』环境下『一个分子一个分子（对于金属来说是原子）』堆积成一块儿金存在以下问题：
1. 不存在真正的『真空』，总会飘着那么几个不知道是什么的原子/分子
2. 你的操作设备难道全部用金制成吗？不，不是假如是的并且真的有了，那么这些金里有杂质，不存在的，有的话就会混进去，没的话你不能造出来。
目前来说，金属一般采用区域熔融配合其他方法可以达到 99.999...% 的纯度（按照不同的材质有所区别，6个9到10个9以上不等）。
但是绝不存在纯纯的没有任何一个杂质原子的『金块』。
第二个问题，假如有人造出了 100% 的纯金，那么这块儿金可能不值钱，制造技术应该是很值钱……假设可以应用到其他材料上，说不定能带来翻天覆地的科技革命。
