反渗透设备长期停用后，要进行专门的维护，保养。清洗反渗透设备中的反渗透膜元件。用反渗透设备产出的水质配制成杀菌液，并且用杀菌液冲洗反渗透系统。用杀菌液充满反渗透设备之后，要关闭相关的阀门，使杀菌液保留在系统当中，要对系统是否装满进行确认。若系统的温度低于27度的标准时，应每隔30天用新的杀菌液进行冲洗，若系统的温度高于27度时，就需要每隔15天更换一次保护液。在反渗透设备重新投入使用之前，用低压给水冲洗系统一个小时左右，然后用高压给水冲洗系统5-10分钟，不管是在低压还是高压冲洗，系统的产水排放阀应该全部打开，检查水中的水质不含有任何的杀菌液存在。
反渗透装置停机保养：RO装置短期停机（不超过三天），每天必须用保安过滤器冲洗30分钟并保证RO组件内充满过滤水。RO装置如长期停机（大于三天），应采用1%甲醛溶液，充满RO组件，然后关闭所有阀门，且每月检查一次。夏天，控制环境温度以防霉变，冬季防冻，必要时可加入10-20%甘油。保存用水最好用反渗透淡水，甲醛应用化学试剂产品。当由复合膜组成的反渗透系统拟暂停使用达一周以上时，则系统应以1%的NaHSO3溶液进行浸泡以防止细菌在膜面繁殖。建议水温高于20℃时，每2d或1d低压冲洗一次，水温低于20℃时，可以每3d低压冲洗一次，每次冲洗完后需关闭净水设备反渗透装置上所有进出口阀门。
反渗透纯净水设备在使用一段时间后，储水箱、过滤膜等表面会因为长期使用而积累一些污垢或者细菌。因此，在使用一段时间后应当注意对易积累细菌的地方进行反复的冲洗，冲洗用水应避免高酸碱度的清洁液，以免造成对渗透膜或者金属输水部件的腐蚀。反渗透是纯水系统的核心部件，经预处理并达到反渗透膜要求的原水经反渗透过滤后就成了纯水，因此做好反渗透的维护工作是保证纯水质量的关键。反渗透膜在工作过程中膜表面的盐浓度高于主体流体中的浓度，这种现象称为浓差极化。浓差极化的后果是使一些盐在膜表面上沉淀，堵塞反渗透膜产水通道，使膜的产水量下降。
定期对反渗透设备进行大流量、低压力、低pH值的冲洗有利于剥除附着在膜表面上的污垢，维持膜性能，或当反渗透设备进水SDI突然升高超过5.5以上时，应进行低压冲洗，待SDI值调至合格后再开机。由于生产的波动，反渗透设备不可避免地要经常停运，短期或长期停用时必须采取保护措施，不适当地处理会导致膜性能下降且不可恢复。科学控制加药量，包括阻垢剂、还原剂，防止膜结垢、氧化。定时安排检测膜进水、产水水质，监测设备压力变化。控制进水温度、PH、SDI。及时、科学化学清洗。长时间不用时注意保护膜。
