一般先用水冲洗掉表面污物，然后用清水浸泡，浸泡不少于10分钟，对包心类蔬菜，要先切开，放在清水中浸泡1－2小时，再用清水冲洗，以消除残留农药。浸泡时若加少量洗洁精或果蔬清洁剂效果更佳。不过，因为一些农药渗透能力非常强，连根上都有，尤其是韭菜。所以，用浸泡水洗可能会洗掉蔬菜表面残留的农药，但对已渗透进蔬菜内部的农药却无能为力。有机磷杀虫剂在碱性环境下分解迅速，所以此方法是去除农药污染的有效措施。可用于各类蔬菜瓜果。方法是先将表面污物冲洗干净，浸泡到碱水中(一般500毫升水中加入碱面5到10克)5到15分钟，然后用清水冲洗3到5遍。
蔬菜先洗后切是有科学道理的。因为蔬菜中含有大量的无机盐和维生素。就维生素的溶解性来说，可分为脂溶性和水溶性两种。如果蔬菜先切后洗，其中大量的无机盐和水溶性维生素就会由切断面随水流失掉。有人还将蔬菜切碎放在水里浸泡很久；有人把菜切碎后用开水焯过，挤掉汁水。这样做法，蔬菜中的营养就容易损失。此外，新鲜蔬菜切后和空气接触面增加了，若放置时间过久，蔬菜细胞释放维生素C的氧化酶，也可以促进维生素C在空气中氧化，从而增加其损失。
随着温度的升高，氨基甲酸酯类杀虫剂分解加快，所以对一些其他方法难以处理的蔬菜瓜果，可通过加热去除部分农药，如芹菜、豆角、青椒等。方法是先用清水将表面污物洗净，放入沸水中2-5分钟捞出。据试验，此法可清除50%-90％以上的农药残留。但此法容易损失蔬菜的营养。这也是一种较为有效的方法，比较适合瓜果类蔬菜，一般可去掉50%以上的农药。但专用洗涤剂必须是质量可靠厂家的产品，清洗时也要冲干净洗涤剂，否则易产生二次污染。
水洗是清除蔬菜水果上其他污物和去除残留农药的基础方法，主要用于叶类蔬菜，如菠菜、金针菜、韭菜花、生菜、小白菜等。高热可使部分水溶性维生素随水蒸气散失掉，加之高热本身亦可破坏维生素，故蔬菜烹调时的原则是：先洗后切，切后即做，急火快炒。这样做出来的菜不但色泽鲜嫩，香脆可口，更重要的是丙种维生素能保存60%～70%，核黄素和萝卜素可保留80%左右，钙、铁、维生素D也可减少损失。
