微波的使用禁忌：患者体内有金属植入物，除专门医嘱外，一般不可治疗。助听器应从病人身上拿走。植入心脏起搏器或心脏电极的病不能接受微波治疗。装有金属节育环的妇女治疗盆腔炎要遵从医嘱。治疗部位有严重血循环障碍，感温迟钝或丧失者慎用。出血倾向的患者禁用。严重局部水肿及全身性感染疾病患者禁用。妊娠期妇女及三岁以下儿童慎用。高热患者及糖尿病患者慎用。严禁对眼及男性生殖器部位进行照射。治疗时，如果辐射器紧贴皮肤，是否会灼伤皮肤是否会灼伤皮肤与辐射器是否紧贴皮肤无关，它只取决于微波能量密度的大小。在正常情况下，当治疗部位感觉过热时，使用者应移开辐射器，将微波输出功率调小后，再继续治疗。治疗部位有严重血循环障碍，感温迟钝丧失者慎用。为什么禁止对眼睛和男性生殖器部位进行照射，微波可引起眼睛损伤，眼睛是人体对微波比较敏感和易受伤害的器官。一方面眼睛的晶状体含有较多的水分，吸收较多的微波能量；另一方面血管又较少，不易带走过量的热。在微波照射下，可能眼的表层组织角膜还没有出现伤害，而晶状体已出现水肿。在大功率、长时间作用下会造成晶状体浑浊，严重的导致白内障。更强的照射会使角膜、虹膜、前房和晶状体同时受到伤害，以致造成视力完全丧失。微波对睾丸的损害也比较大。睾丸是人体对微波热效应的又一敏感器官。在微波辐射作用下即使睾丸的温升达到10摄氏度到20摄氏度。皮肤虽没有感到很痛，但男性生殖机能在不知不觉中已受到微波辐射的损害，微波辐射只抑制精子的生长过程，并不损害睾丸的间质细胞，也不影响血液中的睾酮含量。受微波辐射的损害后，通常会产生暂时性不育现象，辐射量过大，会引起永久性不育。
微波使用起来要更加小心，不然也会出大问题。从前皮肤科医生一致认为激光治疗既快又好，只是治疗中会产生烟雾，一旦用了微波，发现不仅快、好，而且没有烟雾产生，迅速被医生所接受，内痔治疗方法很多，利用红外线和微波电流需8min左右，可微波只需几秒钟达到同样效果。肛肠科医生对此大感兴趣。子宫颈糜烂治疗，也有同样情况。有的疾病治疗收效不大，成为难题。微波治疗则使其上了新台阶。如子宫出血，使用微波后，绝大多数只需一次治疗，即获良效。有些专家才能进行的复杂而难度大的治疗，加用微波后变得简便易行，如前列腺增生的电切术，因操作难，尤其术中出血和可能中毒，一般医生不能进行。如用微波后，可迅速普及。一些肝脏血管瘤治疗，脑瘤治疗也有同样情况。微波在姑息治疗，延长病人生命和改善病人生活质量方面，也发挥着明显的作用。如食道、直肠癌以及中心支气管肺癌阻塞时，使用微波可快速打通。
微波治疗仪感到温热舒适为准，初次接受微波理疗的患者应多观察其反映)。辐射器应隔覆盖物使用，与病灶部位保持1~2m的距离，对准病灶部位后方可输出微波，切忌空载输出。每次照射时间为15~20分钟，每日1~2次。照射时，应避开金属物，如金属纽扣等，以免造成仪器的损坏，或造成烫伤，患处表面的纱布、石膏等卫生材料不必去处。特别注意装有心脏起博器的患者不可使用微波理疗。严禁照射眼睛、大脑、睾丸和孕妇腹部。术后理疗的患者必须在48小时后进行。机在手术治疗状态时，通常的功率使用范围为25W~35W，对极个别病例可达50W。输出探头接触到病灶组织后，方可踏脚踏开关，切忌空载输出。机安装时必须保证供电电网有良好的保护接地线与机器相连的供电电源必须有良好的保护接地的单项三级插座。作时需连接好输出口，务必接牢，无虚扣避免空载输出。辐射线严禁折硬弯，以免影响输出。微波线、脚踏开关和手术探头均属易损件。
