缺乏睡眠会影响人的情绪。从一方面来说，缺乏睡眠会令人变得情绪化。科学家在一个研究中让实验的参与者完成一个简单的任务，即分辨电脑屏幕上的光点在往哪个方向移动，同时在这个光点上会出现情绪化的图片或者中性的图片来分散他们的注意力。这个实验的结果发现：睡眠充足的人虽然会受到情绪化图片的干扰，但他们在中性图片出现时却不容易受到干扰，而缺乏睡眠的人的情况则不同，无论是情绪图片或是中性图都会干扰他们的表现。这也就是说，缺乏睡眠会让一个人把中性的刺激等同于情绪化的刺激，使人们在生活中更加情绪化。当人们的睡眠被剥夺对他人面部情绪的识别能力，特别是对生气和开心的情绪的识别能力，这就会对一个人的人际交往能力产生间接影响。
熬夜可能导致肥胖，研究表明：如将一个健康人的睡眠从 8 小时缩减到 4 小时，他体内糖分的代谢速度会发生明显下降。换句话说，睡眠不足会增加患上糖尿病的几率。此外，熬夜还可能会人们在白天食欲暴增而产生肥胖问题。这是因为晚上睡眠的减少或者睡觉的缺失会激活大脑前扣带回皮层，从而使人胃口大增，对所有的食物都充满了兴趣。在肥胖症中，大脑前扣带回皮层大脑这一区域的激活尤为普遍。
容易产生消极的想法和焦虑，研究指出那些睡眠时间较短、晚上睡得很晚的人，往往比那些睡眠时间更规律的人，更容易产生负面想法。根据这项研究，那些晚睡的人更有可能经历他们似乎无法忽视的重复性消极想法，并且在他们的生活中沉溺于各种各样的问题，即使它们是次要的。
有害大脑健康，科学家们进行脑部扫描分析认为夜猫子在大脑不同区域的“白质完整性”较低。大脑中的“白质”是促进神经元之间通信的脂肪组织。不成比例的白质物质会抑制大脑在大脑和身体内传递信号的能力。迄今为止，异常白质水平与抑郁和认知功能受损有关。
熬夜可能引发精神问题，许多精神疾病都与睡眠都有着千丝万缕的联系。有的研究认为是长期睡眠差导致了精神问题，但也有研究认为睡眠不良会在精神症状前出现，这是对大脑问题的一种预示。总而言之，似乎精神问题与睡眠互相影响，是互为因果的关系。
削弱免疫系统，我们的免疫系统与易受影响的睡眠觉醒周期（昼夜节律）有着千丝万缕的联系。在其“自然”状态下，我们的昼夜节律被设定为12小时的光线和12小时的黑暗; 当人体内部生物钟被破坏时，我们的免疫系统会受到影响。
