有机来源的肥料对植物和土壤都有好处，如果使用得当，一般不会燃烧或损坏植物。有机肥料刺激土壤微生物，改善土壤结构。土壤微生物在将有机肥料转化为可被植物吸收的可溶性养分方面起着重要作用。有机肥料通常提供次生和微量营养素的需要，通常在合成肥料中却没有。 有机肥料氮、磷、钾的来源通常有一个较低的分析（氮、磷、钾）比合成的肥料，但是可以保持土壤肥力更持久一些。因此，有机肥对草坪植物的影响通常是更微妙的。它可能需要一段时间才能看到结果，但回报是草坪保持绿色的时间。
施用有机肥可以减少化肥的使用量,从而减少化肥对环境影响。有机肥的生产过程,也是解决城乡有机废弃物的资源化处理变废为宝的过程。另外,施入有机肥可提高有机质含量,增强土壤对重金属和农药的吸附,减少其危害。
含有大量的微生物和有机质，而有机质是微生物的粮食，增施有机肥不但增加了土壤微生物，而且为原土壤居民～～微生物提供了食品，有吃滴有喝滴还添了人口，那就活跃起来了，养分释放的多了，土壤的供肥力就强了。
商品有机肥为土壤提供了大量有机养分和活性物质,如氨基酸、DNA、RNA、胡敏酸、糖类以及核酸的降解产物,均可供作物直接吸收,并刺激根系生长。其中有机肥能加速土壤中有机态养分的分解和循环。
有机肥最大的好处就是培肥地力，提高作物抗逆性，对于蔬菜瓜果，可很好的改善品质，使之鲜、甜、嫩、香，风味十足！这是其他任何非有机种植所不能达到的！
有机质大多是以腐殖质的形态存在，它可以粘合土壤颗粒，使得土壤通透，保水，使得粘土不粘，沙土不散。又由于腐殖质是深色的，有吸热性，可提高土壤温度。
