海水鱼由其是深海鱼中的EPA和DHA含量要远高于淡水鱼。其实这很好解释，上面说到，EPA和DHA都是脂肪，在深海区域由于见不到阳光，暗无天日，深海里是很冷的，鱼也是需要长出更多的脂肪来为自己保暖，因此深海鱼身上的脂肪要比淡水鱼多很多，EPA和DHA和含量也就略高一筹了。深海鱼的代表就是三文鱼，我们在用平底锅煎三文鱼的时候，不用放油，就可以把三文鱼里的脂肪煎出来。
海水鱼比淡水鱼更鲜美。喜欢吃鱼，并且经常吃鱼的朋友都知道，淡水鱼由于有较为浓重的泥腥味，一般在做法上重口味为主，用较为浓烈的调料去腥除味，这样一来，淡水鱼基本失去了原有的滋味。但海鱼不同，沿海的朋友基本都知道，海鱼最佳的做法就是清蒸，还有火锅（清汤），基本不用煎炒炸，这样可以保持海鱼的原滋原味的鲜美爽滑，让人回味无穷。
海鱼刺少，就一根脊刺。淡水鱼刺多，尤其是肉里面的小刺实在多，而且越鲜嫩的鱼儿刺越多，好不烦人呐。譬如长江三鲜，一个比一个小刺多。鲜的巴不得一口吞下，可你非得拿出吃螃蟹的耐心，一根一根的挑刺。不过无鳞淡水鱼的刺就少了。话说为什么美国人任凭中国鲤鱼泛滥却不吃？就是因为刺多。
海鱼和淡水鱼的另一区别就是，海鱼的口感比淡水鱼的口感好。这主要是因为的海鱼生长在海里游动范围和游动力度非常大，所以海水的肌肉弹性更好味道也更鲜美。除此之外，淡水鱼主要以河里的腐生物为食，而且游动范围也较小，淡水鱼的身上还有土腥味，所以海鱼的口感更好。
海鱼比淡水鱼刺少。淡水鱼刺多，尤其是密密麻麻的毛刺，让人吃起来十分头疼，西方人基本不吃淡水鱼，很重要的原因就是刺多。而海水鱼则没有这样的麻烦，就一根主鱼骨贯穿整个鱼身，没有毛刺，吃起来非常方便。
海鱼味道好些，它们生长海洋里，活动面更大、频繁，肉的弹性比淡水鱼好，主要食用海藻、微生物为生，所以味道上可能会很好些。淡水鱼除了活动面小，且为人工饲养。但也因人而异，每个人口味不同。
