澄清池运行过程中，应注意以下几点：出水清澈透明时，为最佳运行情况，注意保持稳定运行；发现出水变浑时，应增加加药量；出水颜色成灰色，说明加药量过多，需减少加药量；
出水区有矾花上浮时，说明进水量过大或泥渣过多，应降低进水流量或、进行排泥；清水浊度较低时，刮泥机可间断运行；澄清池停运时间较短时，搅拌机和刮泥机也不能停止运行，以防泥渣下沉；停止运行时间较长时需要将泥渣排空或放空。每1至2个月对澄清池进行一次彻底清洗，夏季高温高浊季节根据澄清池运行情况，缩短清洗周期二十天左右清洗。 清洗前水厂办公室提前一天通知调度室提高清水池水位，保证清洗当天安全优质供水。清洗前提前一天做好物资准备，如：冲洗水泵，冲洗水管，水靴，劳保手套等。
冲洗部位包括斜管，清水区池壁，出水孔，第一反应室，第二反应室等。清洗前有夜班值班员提前停池，放水。清洗结束后，清理工作现场，通知净水班值班员后依次关闭放水阀，开启进水阀，澄清池正常运行后与净水班值班员进行工作交接。反应和分离三种工艺在一个构筑物中的水处理设备,各部分运行状况相互牵制,相互影响,澄清水供给冶炼、浓度稳定且均匀分布的泥渣区是保证澄清池处理效果的关键,也是所有澄清池的共同特点。
增加水力循环澄清池的反应时间。对于低浊度水而言，它带入的泥渣十分有限，在运行中，澄清池形成的矾花颗粒相对较小，整个反应、分离区域内矾花的密度不够大，因而需要澄清池能够提供一个较大的反应及分离场所，以便增加池子的反应和分离时间。有资料介绍，第一反应室和第二反应室采用较低流速；减少喉管长度；加大扩管的角度；增大出口垂直部分高度；加大第二反应室高度等措施皆十分有效。但是上述措施应该在设计中就加以考虑。澄清池的第一反应室出口和第二反应室流速为6.5 mm／s；喉管长度为2.22 m；扩管角度为14.6°；第二反室高度仅1.60 m；这些参数并不适合低浊度水的净化与处理，但如果要改进这些参数，需要有一定的停运时间作保证。
传统的给水处理工艺包括混凝、沉淀、过滤和消毒这四部分，一般我们在对比沉淀池与澄清池的时候，指的都是给水工艺的四部分，因为澄矗池在给水工艺中更常见（也就是自来水厂和中水厂）其实广义上来讲澄清池也算沉淀池中的一种，但它又不同于沉淀池。因为沉淀池一般只包括颗粒物（团）在水中由于重力大于浮力而下沉，进而脱离来水的过程。而澄清实际上就相当于“混凝”+“沉淀”两个部分（其中还有过滤的成分在）。因为在澄清池中一般需要加入药剂，生成矾花（这是混凝的过程），然后通过机械或水力搅拌使矾花悬浮，起到一定过滤作用，之后会再将固液通过沉淀的原理分离，出水的就相对澄清了。
