韩教授无法隐藏自己的罪恶之时，他便开始了疯狂的毁尸灭迹行为，杀死善花的舅舅以及忠石的父亲，烧毁妓女的尸体以及刺伤启范，而与此同时，善花却在怨灵的引导下逐渐地明白了自己身上无法消失的双重性，于是从逃避到执行，最终将韩教授刺死。值得注意的是，善花此进与怨灵已经合二为一了。到了影片的结尾，面对着病床上的启范，真实的善花以为自己已经完全摆脱了那种双重的状态，但独眼医生的出现却证明她并没有解脱，那柄小刀是结束启范还是结束自己的生命并不重要，这仅仅代表着怨灵的意愿。重要的是自己其实就是那个妓女，有着相同的经历，母亲是妓女（第二个版本的喻意的体显），自己是妓女的女儿。而如何成为一名真正的医师便成了疑问。抉择是矛盾，残酷而又无情的！
作为一名医生，善花最终要完成了自己的成人礼，对生命的理解将超越了现实的道德准则！于是，善花在这个抉择中将会找到了与父亲相同的特质，冷血！随便说一句，在善花梦中那段胡同里的追逐拍得极有水准，镜头，演员，甚至是道具的走位都极具风范，对于一名新生导演来说，可谓经典镜头，片中另一个经典镜头是景民发疯后下楼的情节，一个镜头由上而下，借助着楼梯的遮挡将众多人物牵扯了进来。
两个善花交织在一起的时候，观众自然会产生一种混淆的感觉！从这个角度来说，影片显然是先创意而后进行故事演绎的，具有一定的创新精神，但与所有的实验性电影一样，这里产生的最大矛盾在于故事在演绎的过程中是否能够将这种创意讲述得更明白更清楚？显然，导演在这方面多少还是显得功力不足。从影片可以看出来，导演显然是做了很多的努力，其中之一便是善花母亲的死。善花的母亲当年与韩教授偷情而怀了善花，更重要的是她成为杀死妓女的帮凶之一，于是，导演演绎出两个版本的善花母亲死亡的场景，第一个版本是出现在室内，第二个版本则出现在红灯区里，所有观影者将不难明白，
片头室内的死亡应该是最真实的版本，年幼的善花杀死了母亲，而原因则在每二个版本中，其实是妓女的所作所为，那个街头的场景明确无误地表现了这种杀戮的真实动机，则更充分地说明杀人者其实就是蕴藏在善花体内的妓女怨灵。一方面第二个版本成为第一个版本的解释，而另一方面，第二个版本成为一种善花对母亲的评价，死于街头是不言而喻的象征。影片所有的立足点都在善花这个人物的身上，真实的善花引导着启范和忠石对韩教授的罪恶行径进行着侦破，而善花体内妓女的怨灵则进行着一场杀戮，两条线索在分头进行着，令人感到错乱而有趣。
《解剖学教室》仅从名字来说便能够引起我们东方人的许多联想。东方的神秘主义是极其强势的，正如片中曾在殡仪馆受过熏陶的启范所言，每具尸体都仿佛活着一样，这样在肉体的生与死之外便产生了鬼魂是否存在的考虑，而西方更讲究实证主义，尸体在现代医学的渲染下即便活过来也是活跳尸式的，并不具有丰富的感情色彩。（当然这里不须提及西方较为古老的神学理念）所以，此片很明显是分为两步而行的，一方面是实证的医学罪恶，而另一方面则是妓女怨灵的报复。
勿庸置疑，故事中的主人公善花是作为怨灵的载体而出现的，当妓女被杀的那一刻，善花在母亲的肚子里完成了怨灵的受孕过程，这种恶念将会伴随着善花的一生，那么可以肯定的是善花便具有了双重性格，一种是现实中的善花，另一种是那个妓女生命的延续。但超越现实的角度，所谓的妓女的复仇者其表现却不是肉体的，而类似于灵魂出窍的类型，这也就不难解释银珠与志英的死到底是怎么一回事，即便善花睡在自己的卧房之中，同样还是可以杀死银珠的，更重要的是，妓女的复仇是针对每一个亵渎其生命的人，包括杀死他的韩教授，包括这群无辜的仅仅是上堂解剖课的学生们，于是，现实中的善花同样面临着死亡的威胁，即身体中那个复仇的怨灵也要将善花这个平凡的学生杀死，于是便出现了善花在宿舍中险些自尽的情景。这种灵魂出窍的概念被极大了丰富起来了，当然也被导演赋与了新的解析。
