对于这个被符号化了的科学巨人和生活中的普通人，我们了解的并不多。通过下文所述的伽利略事件，今天的我们会知道，科学与政治、科学与宗教、传说与真相之间的关系远比我们想象的复杂。当然，人无完人，我们不能因为伽利略在其他方面的瑕疵抹煞他对科学做出的杰出贡献。1613年，伽利略出版的著作《星空信使》给他带来了麻烦。在书中，伽利略认为哥白尼的宇宙学说，即地球围绕太阳运动，是对的，这个观点与当时罗马天主教廷所接受的建立在托勒密体系上的宇宙观相违背。托勒密体系认为地球是宇宙的中心，所有星体(包括太阳）是在围绕地球运动。
所以在1616年，教皇发布法令，宣布哥白尼学说是错误的，伽利略被禁止发表这种学说。1624年，新教皇乌尔•班八世（UrbanW)加冕，伽利略到罗马请求撤销禁令。但是，教皇坚持禁令，但是他允许伽利略研究哥白尼学说，只要他承认哥白尼学说没有托勒密体系完备。然而，1632年，伽利略出版的另一本书《关于托勒密和哥白尼的两大世界体系的对话》仍然坚持哥白尼的观点，天主教教堂将伽利略召回罗马并让其作为异端接收宗教法庭的审判，伽利略由于违反1616年禁令，被宣布有罪，伽利略曾被命令放弃自己的信仰，这时，他喊出了那句著名的宣言：“可它在转。”伽利略本来是要被关进监狱，但是教皇允许他在自己佛罗伦萨附近的家中关押。伽利略去世时78岁。伽利略曾在意大利的比萨（1589—1591)和帕多瓦（1592—1610)担任数学教授，1610年，伽利略被托斯卡纳公爵科西莫•德•美第奇聘为“宫廷哲学家”和“宫廷首席数学家”。
1616年，伽利略前往罗马，为他此前关于日心说的著作和公开言论作辩护。在此之前，有一些批评者指控伽利略传播与《圣经》相左的观点。然而这时，许多——甚或绝大多数的教职人员已经得出结论，哥白尼的日心体系在预言天体位置（因为历法改革的缘故，这对教会尤其重要）时具有很高的精确度，并且十分有用。但是仍然存疑的是，这个宇宙体系是否是对真实情况的正确描述？最关键的是，从没有人能够令人信服地证明哥白尼学说的基本假设——地球是否以很高的速度绕太阳运转。其次，有一些《圣经》经文仿佛暗示地球静止地位于宇宙的中心。当时这是一个异乎寻常的棘手问题。当时的天主教会处于历史的紧要关头，正面临着新教改革的压力。教会对于任何有可能质疑其对《圣经》解释权的争论都特别在意。
伽利略与教会之间的麻烦变成了一个科学与宗教间历史关系的通俗原型。没有什么可以比事实走得更远。对于中世纪和文艺复兴时期而言，甚至延续到18世纪启蒙运动时，其间绝大多数时候科学研究和教学的主要支持者是罗马天主教会。事实上，有一个科学史学家JohnHeilbron最近出版了一本名为《教堂中的太阳》的书，记载了在伽利略事件发生后，教会如何继续推动关于日心说证据的研究。其中甚至包括将整个教堂变成一个巨大的小孔成像照相机，以便数次测量一年中太阳圆面视直径的变化。
