平菇上的杂菌绿霉、木霉、毛霉、青霉、曲霉等，生产中感染最多的是绿霉。杂菌感染后，与平菇菌丝争夺养分，轻则造成减产，重则造成绝收。因此，在实际生产中，必须从原料准备到菇棚处理的各个环节都要严格消毒灭菌，减少杂菌感染的机会。
1、发生原因
培养料或菌种本身带菌；发菌场地卫生差或老菇房没有彻底消毒；菇棚高温高湿不通风。
2、解决办法
选用新鲜、无霉变、经暴晒的培养料，发酵要彻底；避开高温期播种，加强通风，防止潮湿闷热；选用优质、抗霉，吃料快的菌种；霉菌污染发现早，面积小时，可用pH值10以上的石灰水注入被污染的培养料，同时搬离发菌场，单独发菌管理。对污染严重的则清除出场，挖坑深埋处理。
1）选用新鲜无霉变的原料，拌料前曝晒2—3 天。
2）选用抗病、高产、无杂菌污染的菌种，加大菌种用量，将菌种用量加大到30%。
3）拌料时使石灰用量加大到5%，加入0.1—0.2% 多菌灵，或0.5%--1%盐。
4）采用熟料或高温发酵料栽培。
发酵时间的长短及翻堆次数，要根据气温灵活掌握，高温季节每2天翻堆1次，发酵6—7天，低温季节每3天翻堆1次，发酵8—10天，如用隔年的陈料，应缩短堆制发酵时间，比如用隔年陈棉皮为原料（配方88%棉皮+10%麸子+1%石膏+1%蔗糖）堆积发酵3天最好，料温高，则各类高温微生物的活动增强，用这种发酵料栽培平菇出菇早，产量高，如发酵时间超过5—7天，料温降低，放线菌随温度降低数量依次递减，而某些霉菌活动增强，用这种发酵过头的培养料，平菇菌丝生长缓慢，产量下降。
翻堆时要注意堆表皮125px的料，堆中心料与中间料位置互换，使所有培养料都在堆制中达到60—70度高温，达到彻底杀菌的目的。发酵时间，翻堆次数要灵活掌握，以最终发酵好的培养料手握柔软有弹性，有发酵香味，没有刺鼻臭味，能看见少量白色放线菌丝为好。
平菇发菌期间菌丝萎缩的原因是料袋堆垛太髙，产生发酵热时未及时倒垛散热，料温升髙达30℃以上烧坏菌丝；料袋大，装料多，发酵产热温度高；发菌场地温度过髙加之通风不良；料过湿且又装得太实，透气不好，菌丝缺氧也会出现菌丝萎缩现象。黄曲霉主要由空气传播。可能与你的培养料灭菌不彻底，接种操作不严格，培养环境消毒灭菌不彻底。或者菌袋有微孔有关。对于轻微感染的，可以局部注射甲醛或者克霉灵药物进行除治，如果面积较大的，最好尽快分拣出来。以免继续传染。适当降低温度，加强通风换气。
平菇毛霉病又称毛霉软腐病。是由高大毛霉菌侵染造成的，其症状是病菇呈淡黄褐色水渍状软腐。一般多从菌柄基部开始发生，逐渐向上发展，个别也有从菌盖开始发生，软腐后的子实体表面粘滑，但无恶臭气味。菇棚在高温高湿、通风不良、菌床长期积水、子实体过熟未采的条件下容易发生。
防治方法：防止菇棚高温，避免菌床长期积水，采菇时宁幼勿老，及时防治害虫。
