本质区别:
昆曲唱昆山腔，是曲连体；京剧主要唱皮黄腔，是板腔体。
其他区别:
昆曲笛子伴奏；京剧主要是胡琴伴奏。
昆曲没有过门，音乐起唱腔跟着起；京剧一般在唱段中有过门。
昆曲演唱时载歌载舞，唱腔唱到哪身段就得做到哪；京剧的唱做一般是分离的，经常是站着干唱。
昆曲基本只唱昆山腔；京剧除了皮黄腔有时还会唱各种地方戏唱腔，也包括昆山腔。
行当划分不一样，这个太细了一两句说不清楚。
昆曲的核心是编剧，观众最看中的是剧情和唱词的文学价值；京剧是角的艺术，观众最关注的是演员的玩意儿。
京剧对昆曲最原汁原味的继承就是服装，几乎一点没变的照搬了昆曲的行头。
昆曲发源于江苏昆山，以笛子为伴奏，从元杂剧中演变过来，已经六百年。京剧以京胡伴奏，徽班进京二百多年。若不是慈禧太后听不懂昆曲，不喜欢昆曲，或许京剧就不会兴盛，昆曲在解放后已经快沦落到灭绝的境况。，周总理将一部戏救活了一个剧种。昆曲也不是市民常见的，只有文人士大夫，有钱人家唱堂会，祭祀祖先才有的。水磨腔和橄榄腔的特色，京剧的武戏，如关公戏，林冲戏里的唱和打都是昆曲照搬，没有改变，很多戏种都有昆曲的影子，所以她是百戏之母。
京剧虽然是博众家之长，但也形成了自己独特的风格。如今已经走出国门，被誉为中国的“国粹”。昆曲对我国很多戏曲都产生过直接或间接的影响，风靡中国两百多年，没有其他剧种可撄其锋芒，传遍了大半个中国。因其影响了太多的剧种，被誉为“百戏之祖”。
京剧和昆曲的本质区别就是唱腔和伴奏：京剧是板腔体，以京胡月琴伴奏；而昆曲以曲牌为主，用笛子伴奏。
其实从表演形式上也能发现京剧与昆曲的不同：京剧有动（武打）有静（表演），而昆曲音乐一起，人就动，乐一停，人就不动了。
昆曲的主奏乐器是曲笛，京剧的主奏乐器是京胡。昆曲基本上是随唱腔而有舞姿，京剧在传统上是呆站着唱，有动作的时候是不唱的。京剧在武打时是纯武打，到开口唱时整个舞台就沉寂下来，只有唱者在开口。昆曲则是边舞边唱。
京剧的唱腔表现力及灵活性都较强，既有九曲回肠式的慢腔，又有痛快淋漓的快板。既能表现深沉悲凉的情绪，又能表现劲切昂扬的情绪。昆曲的唱腔流丽清远、柔媚细腻，节奏比较舒缓，带有典型的江南特色。
