僧人敲木鱼尚有它更深一层的含义，就是“自警”。因为“鱼昼夜未尝合目，亦欲修行者昼夜忘寐，以至于道”。鱼即使在晚上也不会闭眼睡觉，为了勤修道业，用木鱼来警策大众要抓紧时间用功办道。这里说得十分明白，佛教徒在修行中的这种“警众”与“自警”(不寐)，乃是他们之所以敲木鱼的宗教内涵。另外，寺院早晚上殿，木鱼用来引导僧众把握诵经时的轻重快慢，让大家凝心一处，不起杂念。从木鱼的本质上，他代表的是一种自强不息、精进不退的精神，如果一个人连睡觉的时间都不曾浪费，昼夜用功，自然会净念相续，杂念不生，容易进入道业，日复如此，何愁道业不成？佛陀讲：断一份无明，则证一分法身，如果连常见的烦恼习气都不能断除，怎能断除生死？出家学佛乃大丈夫事，当断能断；断恶修善是佛教的根本，精勤修学是解脱的保障，木鱼不仅是敲在身上，更是敲在心上!
因为“鱼昼夜未尝合目，亦欲修行者昼夜忘寐，以至于道”。这里说得十分明白，佛教众在修行中的这种“警众”与“自警”，乃是他们之所以敲木鱼的宗教内涵。另外一层意思，是在实修中体现的，在大乘佛教中有六度万行的说法，分别是持戒、布施、忍辱、精进、禅定、般若,合称为六度,亦称为六波罗蜜，是由菩萨至成佛的六种修持。这里面的精进，可以看作是需要用到木鱼，因为普通人在修禅定的过程中，凡心容易散乱昏沉，要想修心，只有不断的精进，清清楚楚照看住自己的内心，所以敲木鱼声声入耳，心一境性，也就比较容易入定了。
不同的地方，用不同的材质做成大小不一的木鱼，用在僧众的修学上。从木鱼的本质上看，他代表的是一种自强不息、精进不退的精神。如果一个人连睡觉的时间都不曾浪费，昼夜用功，自然会净念相续，杂念不生，容易进入道业。日复如此，何愁道业不成？从人的角度来说，容易产生懒惰意识。再说人的特性是悲喜不定，更容易受心情的影响，喜欢以自我的好恶来界定事物的好坏，形成片面思考和一家之言。如能清净身心，不会产生偏失，行于中道而进道立命。这时需要鱼这种不休不眠的精神，因而加功用行，不断累积福德资粮。
木鱼最早是古代乐器，佛教最初在新疆用来召集僧众。东晋《五分律》卷十八：应唱时至，若打揵椎、若打鼓、若吹蠡。’”又云:“随有瓦木铜铁鸣者,皆名犍地。”东晋法显《佛国记》：曾在于阗瞿摩帝大乘寺见“三千僧共犍槌食”。北宋《释氏要览》下曰:“今详律，但是钟磬、石板、木板、木鱼、砧槌，有声能集众者，皆名犍稚也。”唐 《岭表录异记》到襄汉，以为无用之物，遂舍于延庆禅院，用代木鱼。
在佛教，很多法器、物品，一则为了庄严，二则用来表法。每个用品都有其特定的内涵，从这些物体身上体露出一个道理，让人们通过表面看到本质。佛教有“八万四千”个法门，用来对治人们不同的烦恼习气。对于一个人来说，贪着睡眠就是一个很大的习气，因而在佛教思想中，把它放在“五盖”，“十缠”当中。烦恼习气能够覆盖修行者的清净心，不能开发善心；缠缚人们的身心，身心不得自在。
鱼是不闭眼的，以此提示众弟子要向鱼一样，不贪睡、要精进。鱼生活在禅海中，以此提示众弟子，禅，无处不在。敲木鱼的声音浑厚洪亮，可以让修行人提起精神，避免昏沉。敲木鱼，在诵经、念佛时，可以控制节奏，或快或慢，指挥大众，使大众念佛声调整齐。
