自然界中有不少微生物（病毒、细菌、真菌和线虫）具有杀虫、杀菌、除草及植物生物调节活性。这种微生物具有很高的专一性，其对靶标害物具有极高的选择性，而对其他生物却十分安全。在现今的直接应用的微生物源农药中，以苏云金杆菌（B·T）居主要市场，约占整个微生物源农药的70%以上，其中半数在美国。目前的B·T商品约数百种，可防治百余种有害昆虫。此外，美国的Mycogen公司生产的荧光极毛菌、孟山都公司的赛氏杆菌，以及Fairfax公司生产的日本金龟子芽孢杆菌等也是已产业化的细菌杀虫剂。同样，在中国B·T剂的生产与应用也基为广泛，据悉已有50余家工厂从事此药剂的应用开发。同样，采用病毒进行防治虫的研究开发较为广泛。在德国、美国等国家均已开发了不少产品，如苹果蠢蛾颗粒体病毒、舞毒蛾核多角体病毒等。在中国，也开发了用于防治松毛虫和棉铃虫的核多角病毒，并有少量生产。此外，用真菌治虫也是一个重要方面，如果白僵菌治虫已成为大家所熟知。由于人们对微生物源农药的开发兴趣越来越浓厚，近年来又出现了不少新的直接作为农药的微生物原农药。如日本烟草公司开发了用于防除草坪杂草早熟禾的细菌除草剂（Xanthomonascapestris）;俄罗期科学院则开发了用于防治蚜虫和红蜘蛛等害虫的细菌性杀虫剂双毒杆菌。英国作物保护学会则于1997年4月举行了一次有关微生物源杀虫剂发展前景的世界性会议。会上，美国氰胺公司介绍了采自非洲蝎子的工程棒状病毒的田间杀虫效果；英国的天然作物保护公司则介绍生产Beauveriabassiana的生产剂型。会议中，充分肯定了微生物源杀虫剂的作用，并肯定了其前景。
微生物肥料的一个最大的特点就是可以为生物提供有益的微生物的群落，而不是只是简单的矿物质营养养分，再者我相对于一般的肥料来说这处微生物肥胖具有肉眼看不到的特点，可以说一般的肥料都是可以从其外在的表现判断其是含是什么成份的，而这种肥料可以说是没有这种保证的。而对于植物们来说这种微生物肥料就具有一个最大的特点，就是用量少，就可以让其发挥出很大的作用了。由其是对于一些需要定产的行业来说，只要可以保证微生物生存环境的作用，就可以更好的促进其成长了，可以影响植物周围的环境，让其拥有一个更加适合生存的环境。大部分的肥胖的有效期都是一年或者半年，而根据不同的肥料的使用，还可以让其发挥出更大的功效的。
微生物肥料是指一类含有活的微生物并在使用中能获得特定肥料效应能增加植物产量或提高品质的生物制剂。长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见：一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥;另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。世界多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。
