大多数情况下，家庭自制葡萄酒是没有毒的，您可以放心饮用。家庭自制葡萄酒的制作过程中，病菌是很难生长的。不过为了安全起见，也为了制作质量更好的葡萄酒，自制葡萄酒的过程中要注意卫生问题。有时候，喝了自制葡萄酒，会引发第二天头痛。其中的原因是制作过程中产生了过多的单宁酸和组织胺。红葡萄酒中普遍都含有单宁酸。如果有了更丰富的家庭自制葡萄酒经验，您就能控制单宁酸的含量。所有接触到葡萄酒的材料都要消毒；当然也包括手。杂质和细菌会很大程度上影响葡萄酒的口味。有些细菌会在葡萄酒中产生醋酸。如果不想酿造出一瓶“葡萄醋”的话，就注意消毒。在利用虹吸作用分离葡萄酒和沉淀的过程中，也要注意卫生。另外，要及时把葡萄酒和沉淀分离开来。因为沉淀中有死亡的酵母，葡萄酒长时间和它们混合在一起，会产生霉味。
在自制葡萄酒的任何过程中，只能使用食品级材料的容器。一些非食品级材料会影响葡萄酒的颜色和风味。在澳大利亚，曾有人用浴缸盛放压碎的葡萄；而浴缸上的搪瓷已经被侵蚀，由此导致了这个人出现铅中毒症状。桶、瓶子、软木塞、管子等工具都要进行消毒。常用的方法是在一加仑的水里溶解2盎司的焦亚硫酸钾，然后清洗所有要与葡萄酒接触的材料。消毒之后，所有东西再用凉开水清洗一遍。用焦亚硫酸钾消毒可以让密封的自制葡萄酒保存6个月。瓶子应该在沸水中煮一会，然后清洗多遍，这样可以去除沉淀、消毒和抗氧化。
葡萄酒以鲜葡萄或葡萄汁为原料经发酵酿制而成，是含有一定酒精的发酵酒。实验室检测发现，大量自酿葡萄酒样品经气相色谱分析后，显示出样品中含有不同浓度的甲醇和杂醇油。部分样品中甲醇的含量超过国家葡萄酒中甲醇标准的400mg/L，甚至超过1000mg/L，杂醇油的含量也在1000mg/L以上。根据其酿制工艺和原料分析，甲醇、杂醇油的产生主要来源于原料。一方面，葡萄皮中的果胶在果胶酶或热能的作用下，分解出甲醇，霉变也会产生大量甲醇，发酵越彻底，甲醇含量会越高。另一方面，葡萄中的蛋白质水解为氨基酸，再经过酶的催化作用生成杂醇油。甲醇又称工业酒精，有较强的毒性，经消化道迅速吸收，排泄缓慢，有明显积蓄作用。甲醛的代谢产物可导致视网膜细胞退行性病变、视神经萎缩，一次性大量摄入可导致中毒甚至死亡。杂醇油是指高分子醇的混合物，主要是戊醇、丙醇、丁醇等高级醇类。如果酒中杂醇油含量过高，则容易出现苦涩味。杂醇油在体内分解缓慢，可引起头痛等症状。
肯定会产生有害物质:甲醇。葡萄中果胶物质水解，氨基酸脱氨和发酵原料的霉变均会造成甲醇的大量产生。用橡木桶陈酿可以降低甲醇含量，但是自酿往往不具备条件。杂醇酵母菌选择不当会产生较多杂醇，建议购买专用的葡萄酒酵母。另外高温下酿制的葡萄酒，其杂醇油含量普遍偏高。最后加糖肯定也会产生杂醇，因为葡萄里面的糖和加的糖类型并不一样，外加糖越多，产生杂醇油也越多。金属元素比如铁元素，一方面葡萄上难免沾染泥土，其中会含有铁元素。另外一个更重要的原因就是器具选用不当，甚至有的初学者用金属器皿自酿，直接导致葡萄被“秒杀”。
