原虫，或者原生生物，在演化上不是一个好的概念，它们只因为unicellular被分到了一起，但彼此的演化关系未必近，而Fungi是有共同祖先的。基因组学已经改变了分类学，对于这种问题，讨论系统发生树的公共节点比较合适，而树里没有叫“原虫”的节点，所以讨论起来比较复杂，你要问“不把某个生物当作真菌的理由是什么”可能更加容易。
如果要求放宽一些，这个问题还是可以讨论的，就拿题主说的Cryptosporidium parvum为例，它属于顶复动物亚门Apicomplexa，囊泡虫总门Alveolata，SAR超类群。这里假设把它们都处理成单系群，如果有新的结果我也不管了……
SAR超类群的生物应该仍然属于大家公认的原虫，我们忽略掉这一支内部的进化事件，继续往上追。Hacrobia和SAR以及一堆关系比较乱的门被归于色藻界Chromista，再往上我们找到了Plants+HC+SAR megagroup，你会发现相对于真菌，SAR里的虫子们已经和植物比较近了。
所以我们需要关注一下SAR这个超类群从该metagroup独立出来的演化事件。（坑）
把Excavata等等也加到这个大树里面，我们把他们整个归于双鞭毛生物Bikont；与之对应的是单鞭毛生物Unikont，真菌在Unikont里面（这也是人类和白菜最大的不同）。所以我们需要关注一下Unikont和Bikont分歧的演化事件（坑）。
Unikont中，省略掉一些过程后，Amoebozoa和Obzoa分开，然后Obzoa中，Opisthokonta分歧出来，然后Opisthokonta中，菌物总界Holozoa和动物总界Holomycota分开，再在Holozoa中独立出真菌。
自上而下建立一个物种的概念是很不自然/靠谱的，但每一次分歧都会带来很大的不同，如果我们说一个东西是真菌，意味着它首先是单鞭毛生物Unikont（排除掉你说的一堆原虫），之后必须是后鞭毛生物Opisthokont（排除掉变形虫，应该也被当作原虫），之后就是更细致的工作了。
但是，自从有了分子演化的工具，我们已经几乎不需要从树根开始对物种分类了。特别是单系群，说一个新东西是真菌，可能相当于说它的基因组和现有的真菌的差异，小于真菌内部基因组的差异。
临床医生的教育与训练方向，医学院上学的时候学的微生物其实应该是病原微生物学，我开玩笑叫做“只讲咬人的动物”。这个很有效，但是有时候会让我们失去一个大的知识框架。
我教学生的时候，经常涉及到要讲到真菌引起的感染、原虫引起的感染，无论是我自己问自己，还是同学问我：“真菌和原虫的本质区别是什么呢？” 我就不能充分解答了，求高人解答一下哦。
我现在能够知道的是，都是真核生物，是共同点。原虫似乎没有细胞壁，而且是可以自养的。真菌有几丁质细胞壁，据说都是异养的。当年有一些微生物还很难区分是真菌还是原虫，比如引起腹泻的 隐孢子虫（菌）Cryptosporidium parvum。
真菌是单系群，也就是所有真菌的最近共同祖先的后代也都是真菌。不过这里说的真菌不包括卵菌和黏菌什么的。
原虫是多系群，分类学上的地位可能多种多样。所有原虫的最近共同祖先的后代包括了许多非原虫类的生物。
从特征上来说，真菌有细胞壁，而且许多真菌是多细胞的，从这一点上就和原虫完全不同了。
单细胞真菌主要就是酵母，和原虫也很容易区别开吧。
它们都是真核生物，不过真菌自成一门，原虫属于真核动物，真菌有几丁质细胞壁，而原虫没有;形态上它们也有本质的区别，前者多数为菌丝体后者与细胞形态相似。
