咖啡内富含咖啡因，咖啡因可兴奋中枢使人“不易犯困”的同时会导致人体调节系统紊乱。最常见的表现就在于心脏，咖啡因能导致心律不齐、心跳加速。过量饮用咖啡会导致诸如：窦性心动过速、室上速、房早这样的问题。但饮用咖啡所导致的心律改变往往是一过性的，只要不喝咖啡就能自行缓解。但是长期如此，心脏不能耐受，就可能会导致上述改变变为永久性的电生理异常。
现代医学研究指出，咖啡豆含有糖类、蛋白质、脂肪、烟碱酸、钾、粗纤维、水份等营养成份。此外、咖啡还含有咖啡因、单宁酸、生物碱等有益人体健康的成份。咖啡是目前被人类使用最久却又误解最多的饮料，许多最新的研究报告显示，在许多方面，咖啡因对人体并没有过去想象中有健康的危害；反之，咖啡中一些的成份对于人体有很多的保健功效，都慢慢科学家发现。
目前并没有直接证据显示咖啡因会导致骨质疏松症，且某些研究发现，咖啡因虽会增加钙质排泄，但并非造成骨质疏松的高危险因素，钙质的摄取不足才是主要原因，因此仍建议应该注意钙质的充分摄取。咖啡对血脂肪、血压、心脏病与癌症的发生率，目前研究人员还没有足够证据显示咖啡因相关性。喝咖啡过量虽然可能会妨碍胎儿的发育，但未能证实是否会导致早产或婴儿出生体重不足。不过仍然奉劝孕妇少喝咖啡为妙，因已有够多的研究指出咖啡因会，降低妇女受孕的机会，增加流产的风险，阻缓胎儿的发育。
空腹喝咖啡更容易伤胃，咖啡容易刺激胃酸分泌，就算不是空腹状态下饮用，也会对胃部产生刺激，空腹喝咖啡则更容易引起“胃气受伤”，影响到胃功能的消化和吸收，严重情况下会导致胃溃疡发生。空腹喝咖啡更易致血液升高，长期空腹喝咖啡还会加剧高血压症状，这是因为咖啡中的咖啡因与其他止痛剂合成复方，如果是本身就有高血压症状的人群，这些咖啡因会让病情变得更为严重，因为光是咖啡因就能导致血压上升，如果在工作压力大，精神紧张的情况下再喝含咖啡因的饮品，就更容易导致高血压加剧了。
早上空腹喝咖啡不好，建议早上空腹喝一杯白开水或蜂蜜以清肠。早上空腹喝咖啡的话，人的心脏会承受很大的负担，如果心脏不好的人，会有很强烈的感觉，如果喝很浓的咖啡，心脏会出问题的。所以最好不要空腹喝咖啡。建议早餐后适当饮用，或者午餐后饮用，有很好的效果，可以提神并帮助新陈代谢。喝咖啡最好在用餐后饮用，因为它可以促进肠胃的蠕动，帮助消化，可以分解刚吃下去的高热量、高脂食物，也比较不会因为空腹喝咖啡而对肠胃带来刺激，如果你每天饮用对于便秘的改善有很好的效果。
