辣椒虽然富于营养，又有重要的药用价值，但食用过量反而危害人体健康。因为过多的辣椒素会剧烈刺激胃肠粘膜，使其高度充血、蠕动加快，引起胃疼、腹痛、腹泻并使肛门烧灼刺疼，诱发胃肠疾病，促使痔疮出血。因此，凡患食管炎、胃肠炎、胃溃疡以及痔疮等病者，均应少吃或忌食辣椒。由于辣椒的性味是大辛大热，所以火眼、牙疼、喉痛、咯血、疮疖等火热病症，或阴虚火旺的高血压病、肺结核病，也应慎食。
辣不是味觉，而是痛觉。爱吃辣椒的人越来越能吃辣是因为痛觉是跟记忆有关的，痛疼是有害的信号，而当人反复吃辣椒却没有受到伤害时，大脑遍知道它是无害的，所以会适应它。辣椒不伤胃，也不会导致胃溃疡，但是它会通过神经让胃产生应激反应，胃液分泌，活动增强，充血。而如果胃本来就有溃疡，一充血可能就会导致胃出血。所以健康人是不会被辣得胃出血的，出血的都是原来就有胃病。
因辣椒辛热有毒，过食可使体内湿从热化，表现为皮肤痤疮，血压升高，痔疮加重，鼻出血等。如果长期大量食用辣椒，则会引起中毒表现，如胃脘灼热感、腹胀、腹痛、恶心、呕吐、头晕，甚至呕血、尿血、衄血、血压升高或下降。动物实验证实，辣椒的主要成分辣椒碱对循环系统有一定影响，可引起短暂性血压下降、心跳减慢及呼吸困难等。因此，过食辣椒当心中毒。
过于偏爱辣味，易造成脏腑阴阳失调，产生疾病。肺气过盛辣味有发散、行气、活血等功能，吃多了容易使肺气过盛，耗伤气阴，导致免疫力降低而罹患感冒，出现咽喉干痛、两眼红赤、鼻腔烘热、口干舌痛以及烂嘴角、流鼻血、牙痛等“上火”症状。湿热加重过食辛辣易加重体内湿热，表现为皮肤痤疮、血压升高、痔疮加重和鼻出血等。
痔疮患者如果大量食用辣椒等刺激性食物，会刺激胃肠道，使痔疮疼痛加剧，甚至导致出血等症状，痔疮患者应多饮水，多吃水果，少吃或不食辣椒。 有眼病者 红眼病、角膜炎等眼病患者吃辣椒会加重眼病。在治疗过程中，大量食用辣椒、生姜、大蒜、胡椒、芥末等辛辣食品，也会影响疗效。
大量食用含辣椒素多的辣椒，会使消化液分泌过多，引起胃肠黏膜充血、水肿、胃肠蠕动剧增，可引发胃炎、肠炎、腹泻、呕吐等，更不利于消化道功能的恢复。食用过多的辣椒还会使人心跳过快，循环血量剧增，因此，也不利于心血管病患者的康复。
